Nach Lokis Niederlage übernahm Red Skull das Kommando über Hydra. Seine zentrale Motivation entsprang der Überzeugung, dass das Böse in der bestehenden Weltordnung nicht dauerhaft triumphieren könne. Dieser Glaube trieb seinen ultimativen Plan voran: die aktuelle Welt zu vernichten und sie vollständig unter seiner Herrschaft neu zu erschaffen, wo das Böse unumschränkt herrschen würde.

Er organisierte den Gefängnisausbruch der Celebrity Five und nutzte die Dimensionssphäre, um ihren vollständigen Biocode-Satz zu stehlen. Dieser Diebstahl verlieh ihm die uneingeschränkte, unbegrenzte Macht, alle DISK-Typen zu D-Smash. Er verteilte diese Biocodes an seine Untergebenen. Anschließend heuerte er Mystique an, um DISKs mit Baron Zemo, Abomination, Tiger Shark, Graviton und M.O.D.O.K. zu beschaffen. Nachdem er Mystique verraten hatte, verwendete er die Dimensionssphäre, um deren Kräfte zu verstärken und so die verbesserten Masters of Evil als seine Hauptvollstrecker zu formen.

Sein Endziel bestand darin, die Wissenschaftlerin Bridget Chan wegen ihres Fachwissens über die Energiepfade des Planeten, die Gaia-Linien, zu entführen. Er entsandte die Masters of Evil zu fünf globalen Stützpunkten mit Gaia-Ankern und befahl ihnen, die Dimensionssphäre einzusetzen, um diese Linien gleichzeitig zu korrumpieren. Diese synchronisierte Korruption sollte die Stabilität des Planeten um Mitternacht zerstören, um seine Vernichtung und Wiedergeburt unter seiner Herrschaft zu ermöglichen. Er stattete die Masters mit Biocodes aus, um während der Operation bösartige Handlanger zu D-Smash.

Als die Avengers die Korruption der Gaia-Anker vereitelten, griff er persönlich ein. Indem er Hikaru Akatsukis Bruder Akira bedrohte, zwang er Hikaru, ein Fragment der Dimensionssphäre in seinen Körper aufzunehmen. Diese Handlung verwandelte Hikaru in seinen unfreiwilligen Diener. Red Skull nutzte diese Kontrolle, um die Avengers in eine Konfrontation zu locken, und zwang Thor, unter der Androhung von Hikarus Tod durch die Energie der Sphäre gegen seine eigenen Verbündeten zu kämpfen.

Hawkeye, der sich nach der Niederlage und D-Sicherung des echten Handlangers als Crossbones verkleidet hatte, infiltrierte seinen inneren Kreis und schoss während dieses Zusammenstoßes auf ihn. Trotz Hawkeyes Versuch, Hikarus Befreiung zu erzwingen, wurde die Energie der Dimensionssphäre erst freigesetzt, als Thor ihren Strahl absorbierte. Dies ermöglichte es Hikaru, die Korruption mithilfe des Selbstreparationssystems seines Biocodes auszubrennen.

Unbeeindruckt aktivierte Red Skull Hydras Ultimativwaffe: einen riesigen Roboter, angetrieben von der Dimensionssphäre, der die Krönung von Hydras technologischem Wissen verkörperte. Er steuerte ihn gegen die vereinten Kräfte der Avengers, Hawkeye, Power Man, Iron Fist, Black Panther und Falcon. Thor fügte den entscheidenden Schlag zu, zerstörte das Cockpit des Roboters und machte ihn handlungsunfähig. Akira Akatsuki sicherte ihn anschließend per D-Secure, wodurch seine Herrschaft ein Ende fand.