Kota Fukuda ist Mitglied des Vernichtungstrupps, der unter der Nozama Peston Service arbeitet, einem Schädlingsbekämpfungsunternehmen, das heimlich damit beauftragt ist, künstliche Lebensformen namens Amazons aufzuspüren und zu eliminieren. Ursprünglich war er Offizier der Spezialeinheit der Metropolitan Police Department, wo er unter seinem späteren Truppführer Shido diente. Fukuda schloss sich dem Vernichtungstrupp hauptsächlich an, um Geld für die Pflege seiner Mutter zu verdienen, die an Demenz leidet. Ruhig und zurückhaltend zeigt Fukuda selten Emotionen in seinem Gesicht und spricht wenig, dennoch ist er zutiefst fürsorglich und loyal gegenüber seinen Teamkameraden. Er war der Erste, der zögerte, als ein Kamerad als Amazon entlarvt wurde, er hat Tränen für seine Truppmitglieder vergossen und bietet denen, die zum Team stoßen, leise Unterstützung. Seine ernste und professionelle Fassade verbirgt eine warmherzige und sensible Natur.

Fukudas Motivation ändert sich im Laufe der Geschichte. Anfangs getrieben von der Notwendigkeit, die medizinische Behandlung seiner Mutter zu bezahlen, wird er später persönlich in den Konflikt verwickelt, als seine Entscheidung, den jungen Amazon Mamoru freizulassen, zur Tragödie führt. Mamorus Handlungen führen indirekt dazu, dass Fukudas Mutter mit einer neuen Art von Amazon-Zellen, den lysogenen Zellen, infiziert wird, die Menschen in Amazons verwandeln. Gezwungen, seine eigene Mutter mit eigenen Händen zu töten, wird Fukuda von Reue verzehrt. Er gibt sich selbst die Schuld, nicht nur dafür, dass er Mamoru nicht getötet hat, als er die Chance hatte, sondern auch dafür, dass er ihn nicht aufgehalten hat, zu gehen. Dieser Verlust stärkt seine Entschlossenheit, und er besorgt sich spezielle Zerquetschungsgeschosse, die entwickelt wurden, um harte Amazon-Ziele zu zerstören. Dann schließt er sich dem reformierten Vernichtungstrupp wieder an, um Mamoru gegenüberzutreten und die Angelegenheit ein für alle Mal zu klären.

Innerhalb des Trupps dient Fukuda als Fahrer des Teamfahrzeugs sowie als primärer Scharfschütze und Rückendeckung. Er ist außergewöhnlich geschickt im Umgang mit Schusswaffen, beschrieben als ein Meisterschütze, der fast jedes Ziel treffen kann, und seine ruhige Art macht ihn zu einer verlässlichen Stütze bei Hochdruckeinsätzen. Seine Beziehung zu Shido ist die stärkste seiner Verbindungen, aufgebaut auf jahrelangem Vertrauen aus ihrer gemeinsamen Zeit bei der Polizei und fortgeführt in ihrer Arbeit bei der Jagd auf Amazons. Er teilt auch eine stille Kameradschaft mit den anderen Mitgliedern des Vernichtungstrupps, darunter Takai, Misaki und Haruka Mizusawa, dem Amazon Omega Rider, der kurzzeitig mit ihnen zusammenarbeitet. Durch die Verluste, die er erleidet, und die Entscheidungen, die er trifft, entwickelt sich Fukuda von einem Söldner, der von finanzieller Not getrieben wird, zu einem Mann, der von persönlicher Tragödie und dem Bedürfnis nach Sühne geprägt ist. In der letzten Konfrontation, die in The Last Judgement dargestellt wird, steht er mit seinen Kameraden zusammen, um sich den Konsequenzen vergangener Entscheidungen zu stellen und den langen Konflikt mit Mamoru zum Abschluss zu bringen.