Im Anime „Rurouni Kenshin Saishūshō The Beginning“ wird Isami Kondo als Kommandant und Anführer der Shinsengumi dargestellt, der Spezialpolizei von Kyoto in den letzten Jahren des Tokugawa-Shogunats. Sein Hintergrund ist der eines Meisterschwertkämpfers, der die Position des vierten Meisters des Tennen-Rishin-Ryu-Schwertkampfstils innehatte, den er in seinem Dojo, dem Shieikan, praktizierte. Er wird als Person von durchschnittlicher Größe mit muskulösem Körperbau, kurzem schwarzem Haar, das oft zurückgekämmt ist, kleinen dicken Augenbrauen und Falten im Gesicht beschrieben. Seine typische Kleidung umfasst ein Stirnband mit einer Metallplatte, eine blaue Jacke mit einem weißen Bergmuster an den Ärmeln und am unteren Rand, ein weißes Hemd und dunkle Hosen, mit Bandagen um seine Taille und sein Handgelenk.

In Bezug auf die Persönlichkeit wird Kondo als ein grundsätzlich freundlicher Mensch dargestellt, der sich sehr um seine Kameraden der Shinsengumi kümmert. Er hat eine besonders enge Bindung zu Hijikata Toshizo und Okita Soji, die er wie Brüder behandelt. Zentral für seinen Charakter ist ein starkes und unerschütterliches Bushido-Gefühl, der Weg des Samurai, einen Kodex, dem er mit strenger Hingabe folgt. Diese Treue zu seinen Prinzipien definiert sein Handeln und seine Führung. Seine Hauptmotivation ist es, dem Shogun als Samurai zu dienen und die Shinsengumi mit Ehre zu führen, um in Kyoto in einer Zeit großer politischer Umwälzungen die Ordnung aufrechtzuerhalten.

In der Geschichte von The Beginning, die sich auf die frühen Jahre des Hitokiri Battosai, Kenshin Himura, konzentriert, ist Kondos Rolle als Anführer der Shinsengumi bedeutend, den Hauptgegnern der Ishin Shishi, einschließlich Kenshin selbst. Er wird besonders während des entscheidenden Ikedaya-Vorfalls gezeigt, wo er seine Männer bei einem Überfall auf die geplante Verschwörung anführt. Bei diesem Ereignis werden seine körperliche Stärke und sein Können als Schwertkämpfer deutlich zur Schau gestellt, was ihn zu einer beeindruckenden Erscheinung macht. Eine Schlüsselbeziehung ist die zu seinem rechten Mann, Hijikata Toshizo, und dem talentierten Schwertkämpfer Okita Soji. Sein Gegenstück bei den Ishin Shishi ist Kenshin Himura, gegen den die Shinsengumi kämpft.

Was seine Entwicklung betrifft, bleibt die Figur eine standhafte Verkörperung des Samurai-Ideals, wobei sein unerschütterliches Engagement für seine Pflicht und seine Männer sein bestimmendes Merkmal ist. Der Film zeigt keinen persönlichen Wandel für ihn, sondern festigt vielmehr seine historische Rolle als hingebungsvoller Kommandant, der dem unvermeidlichen Ende einer Ära gegenübersteht. Seine bemerkenswerten Fähigkeiten beruhen auf seiner Meisterschaft im Tennen Rishin Ryu, dessen Schwertmeister er ist. Er wird nicht nur für seine hohe Schwertkunst anerkannt, sondern auch für seine bemerkenswerte körperliche Stärke, die während des Überfalls auf die Ikedaya-Herberge deutlich wurde. Sein Tod, der mit den historischen Ereignissen übereinstimmt, ereignet sich nach dem Boshin-Krieg, als das Tokugawa-Regime zusammenbricht, und er wird schließlich nach seiner Kapitulation hingerichtet.