In den letzten Jahren der Bakumatsu-Periode Japans, als der Konflikt zwischen dem Shogunat und den Befürwortern der kaiserlichen Herrschaft seinen blutigen Höhepunkt erreicht, ist ein junger Schwertkämpfer namens Himura Kenshin zu einer gefürchteten Legende geworden. Bekannt als Hitokiri Battosai, ist er ein Attentäter für den Choshu-Klan und tötet Schlüsselfiguren des Shogunats mit einer kalten, rücksichtslosen Effizienz, die ihn emotional leer zurücklässt. Der Film, der hauptsächlich 1864 in Kyoto spielt, folgt Kenshin in diesem dunklen Kapitel seines Lebens, bevor er zum Wanderer wird, der schwört, nie wieder zu töten.

Eines Nachts, nach einem brutalen Attentat, trifft Kenshin auf eine ruhige, rätselhafte Frau namens Yukishiro Tomoe. Sie bezeugt die Nachwirkungen seiner Gewalt mit einer seltsamen, beunruhigenden Gelassenheit. Kurz darauf wird Tomoe unerklärlicherweise in Kensinghs Leben eingeführt, als der Choshu-Anführer Katsura Kogoro sie als Scheinehefrau bei ihm unterbringt und beide in ein abgelegenes Dorf in Otsu schickt, um sich vor der Elite-Polizeitruppe Shinsengumi zu verstecken. Was als taktische Vereinbarung beginnt, vertieft sich langsam zu einer echten, zärtlichen Beziehung. Kenshin, der nur den Tod kannte, beginnt ein Gefühl von Frieden und Menschlichkeit zu empfinden, während die zurückhaltende Tomoe ihre emotionale Abwehr langsam fallen lässt. Für kurze Zeit finden sie Trost in einem einfachen gemeinsamen Leben und glauben, dem Blutvergießen entkommen zu sein.

Dieses zerbrechliche Glück basiert jedoch auf einem verheerenden Geheimnis. Tomoe ist eine Spionin, die von einer undurchsichtigen Gruppe namens Yaminobu geschickt wurde, die dem Choshu-Klan feindlich gegenübersteht. Ihre Mission ist es, den Mann zu überwachen und letztendlich seinen Tod zu orchestrieren, der ihren ersten Verlobten getötet hat, einen Samurai-Herrn, den Kenshin bei einer früheren Mission erschlug. Als sie an Kensinghs Seite lebte, wurde ihr Rachedurst langsam durch echte Liebe ersetzt, was sie in eine unmögliche Lage brachte. Die Yaminobu, angeführt von Tatsumi, beschließen, sie als Köder zu benutzen, um den Battosai in eine Falle zu locken und zu töten.

Die Handlung steuert auf einen tragischen Höhepunkt auf einem verschneiten, abgelegenen Feld zu. Kenshin, der erkennt, dass er verraten wurde und Tomoe entführt worden ist, kämpft sich durch die Attentäter der Yaminobu. In den letzten, chaotischen Momenten der Schlacht wirft sich Tomoe zwischen Kenshin und einen tödlichen Angriff des feindlichen Anführers. Als sie in seinen Armen stirbt, greift sie nach oben und ritzt mit ihrem kleinen Messer eine zweite Linie über die Narbe auf seiner Wange, wodurch die kreuzförmige Wunde vollendet wird, die sein Gesicht für immer prägen wird. Ihre letzte Handlung ist keine des Verrats, sondern des Schutzes und der Liebe. Überwältigt von Trauer und Schuldgefühlen, weil er die einzige Person getötet hat, die ihm Licht brachte, ist Kenshin für immer verändert. Dieses Ereignis festigt seinen Entschluss, sein Leben als Attentäter aufzugeben und seinen langen Weg der Sühne als wandernder Schwertkämpfer zu beginnen, der die Unschuldigen beschützt, ohne Leben zu nehmen, und bereitet die Bühne für die Ereignisse der früheren Filme.