Masaki Aofuji ist ein fünfzehnjähriger Oberschüler, der als Protagonist von FLCL: Shoegaze fungiert. Zehn Jahre vor Beginn der Geschichte, als er fünf Jahre alt war, beobachtete er eine große Rauchwolke, die von einem riesigen, bügeleisenförmigen Gebäude am Stadtrand in den Himmel aufstieg. Nach diesem Ereignis begann er, überall, wo er hinging, leuchtend grüne Geister zu sehen, sowie einen seltsamen, riesigen, lila vogelähnlichen Geist, der auf dem Tsuganei-Turm thront. Niemand sonst kann diese Erscheinungen sehen, und diese Fähigkeit macht es ihm unmöglich, sich unter Gleichaltrigen einzufügen, die ihm aufgrund seiner ungewöhnlichen Behauptungen misstrauen.

Masaki fühlte sich während seiner gesamten Kindheit wie ein Außenseiter. Seine ständigen Visionen von Geistern haben ihn von anderen entfremdet, und er hat sich damit abgefunden, eine einsame Figur zu sein, die Skizzen der Geister in sein Notizbuch zeichnet. Trotz dieser Isolation wächst seine Frustration über seine Situation bis zu einem Bruchpunkt, was ihn dazu bringt, eine drastische Maßnahme zu planen. Er beschließt, eine Bombe zu bauen, indem er Materialien aus dem Chemielabor seiner Schule verwendet, mit dem Ziel, in die oberste Etage des Tsuganei-Turms einzudringen und sie zu zerstören, in der Hoffnung, die Wahrheit hinter dem riesigen Vogel zu enthüllen, den nur er sehen kann.

Seine Rolle in der Geschichte dreht sich um seine Partnerschaft mit Harumi, einem exzentrischen Mädchen, das er nach seinem Wechsel zur Tsuganei-Oberschule kennenlernt. Harumi ist von seinen Skizzen der Geister fasziniert und beschließt, ihm zu helfen, nachdem sie von seinem Bombenbauplan erfährt. Gemeinsam dringen sie in den Turm ein, und ihre Aktionen erregen die Aufmerksamkeit der Polizei und des Amtes für interstellare Einwanderung, einschließlich Chef Kanda und der erwachsenen Kana Koumoto. Masakis aufgewühlte Emotionen und sein N.O.-Kanal, dieselbe psychische Energie, die die übernatürlichen Ereignisse von FLCL angetrieben hat, werden zu einem zentralen Punkt der Geschichte. Seine unkontrollierte N.O.-Reaktion in seinem Kopf entzündet die Zündschnur der Bombe, und die Ereignisse eskalieren schnell über seine Kontrolle hinaus.

Was die Persönlichkeit betrifft, ist Masaki introvertiert, zurückgezogen und anfangs passiv, aber er besitzt einen tiefen Brunnen an Frustration und den Wunsch nach Veränderung. Er wird leicht aus der Fassung gebracht, wenn Harumi in der Nähe ist, doch er sieht sie als eine verwandte Seele. Im Laufe der Serie entwickelt er sich von einem resignierten Einzelgänger zu jemandem, der bereit ist, nach seinen Gefühlen zu handeln und Verantwortung für die Konsequenzen seiner Fähigkeiten zu übernehmen. Eine Schlüsselbeziehung ist seine Bindung zu Harumi, die sich von einer zögerlichen Partnerschaft zu einer romantischen Verbindung entwickelt. Er interagiert auch mit Kana Koumoto, die versucht, ihn zu führen oder aufzuhalten, und wird von Kanda manipuliert, der versucht, Misstrauen zwischen ihm und Harumi zu säen, um eine stärkere N.O.-Reaktion zu provozieren.

Zu den bemerkenswerten Fähigkeiten gehört seine einzigartige Wahrnehmung von Geistern, die Manifestationen einer anderen Dimension sind, sowie sein Besitz eines starken N.O.-Kanals. Sein N.O.-Kanal ermöglicht es ihm, die Realität zu beeinflussen, die Geister in einem kritischen Moment für alle sichtbar zu machen und schließlich eine riesige, fliegende schlangenähnliche Kreatur, identifiziert als Atomsk, aus seiner Stirn hervortreten zu lassen, die die Energiequelle des Turms absorbiert. Am Ende der Geschichte entwickelt Masaki die Fähigkeit, in ein alternatives Universum überzugehen, was ihm erlaubt, die ursprüngliche männliche Version von Harumi auf einer Marskolonie zu besuchen, was zeigt, dass seine Macht weit über sein anfängliches Bedürfnis hinausgewachsen ist, lediglich Geister zu sehen. Er bleibt in der Lage, die grünen Geister auch nach der Auflösung der Dimensionsspaltung zu sehen, obwohl sie für alle anderen wieder unsichtbar sind.