Kiriko Endo ist eine zentrale Figur in der Erzählung von 20th Century Boys, vor allem bekannt als die ältere Schwester des Protagonisten Kenji Endo und die leibliche Mutter von Kanna Endo. Ihre Rolle in der Geschichte ist eng mit dem zentralen Konflikt verwoben, da ihr wissenschaftliches Fachwissen vom Antagonisten Friend gewaltsam ausgenutzt wird.

Schon in jungen Jahren zeigte Kiriko einen starken Intellekt und eine große Leidenschaft für Biologie und die Erforschung von Mikroorganismen. Diese Leidenschaft wird jedoch zur Quelle enormer Tragödie und Schuld. Friend, der im Rahmen seines Plans zur Weltherrschaft und anschließenden „Erlösung“ einen weltvernichtenden Virus erschaffen wollte, manipulierte die Ereignisse, um die Kontrolle über Kiriko zu erlangen. Diese Manipulation beinhaltete den inszenierten Tod ihres Geliebten Moroboshi, wodurch Friend sich als ihr Ehemann und Vater ihres Kindes Kanna positionieren konnte. Gegen ihren Willen wurde Kiriko gezwungen, den tödlichen Virus zu erschaffen, den Friend zur Vernichtung der Menschheit einsetzen wollte.

Kirikos Persönlichkeit ist geprägt von einem tiefen Verantwortungsbewusstsein und Gerechtigkeitssinn. Sie wird als „knallharte starke Frau“ dargestellt, die unter den katastrophalen Folgen ihrer erzwungenen Arbeit leidet. Von Schuldgefühlen wegen ihrer Rolle verzehrt, entwickelte sie heimlich den Impfstoff, um genau den Virus zu bekämpfen, den sie erschaffen musste. Ihr moralischer Kompass zwingt sie zum Widerstand, und als sie das wahre, erschreckende Ausmaß von Friends sektenähnlicher Organisation entdeckt, ergreift sie entschlossene Maßnahmen. Sie sammelt Beweise gegen ihn und vertraut sie der Polizei an, während sie ihre Tochter Kanna in die Obhut ihres Bruders Kenji und ihrer Mutter gibt, bevor sie aus deren Leben verschwindet, um ihren eigenen Kampf gegen Friends Pläne zu führen. Dieser Akt, Kanna zurückzulassen, ist eine Quelle familiärer Spannungen, insbesondere mit ihrer Mutter, die dies als Vernachlässigung betrachtet.

Während des größten Teils der Haupterzählung existiert Kiriko als schattenhafte Figur, die hauptsächlich in Rückblenden zu sehen ist. Ihre Abwesenheit ist eine treibende Kraft für ihren Bruder Kenji, der Kanna großzieht. Dennoch arbeitet sie weiterhin im Geheimen, um für ihre Vergangenheit zu büßen. Sie verbündet sich mit dem Wissenschaftler Yamane, der ebenfalls an der Erschaffung des Virus beteiligt war, und überzeugt ihn von Friends wahren Absichten. Gemeinsam arbeiten sie daran, der Bedrohung entgegenzuwirken, wobei Kiriko ihre Bemühungen auf die Entwicklung eines Impfstoffs konzentriert. In einem letzten Akt der Verzweiflung und des Mutes während der Friend-Ära setzt Kiriko sich der nächsten Generation des Virus aus, um ihren eigenen Impfstoff zu testen, der sich als erfolgreich erweist.

Ihre wichtigsten Beziehungen prägen ihren gesamten Handlungsbogen. Ihre Bindung zu ihrem Bruder Kenji war bedeutsam, da sie in ihrer Jugend eine unterstützende und mütterliche Figur für ihn war und ihm sogar seine erste E-Gitarre kaufte. Ihre Beziehung zu ihrer Tochter Kanna ist geprägt von einer langen und schmerzhaften Trennung, die durch Kirikos Mission, sie vor Friend zu schützen, verursacht wurde. Nach der endgültigen Niederlage von Friend findet Kiriko ein gewisses Maß an Frieden. Man sieht sie zuletzt als freiwillige Ärztin in Afrika, wo sie ihr medizinisches Wissen der Hilfe für Kranke widmet, und schließlich mit ihrer inzwischen erwachsenen Tochter Kanna und ihrer alternden Mutter wiedervereint wird. Ihre bemerkenswerteste Fähigkeit ist ihr geniales intellektuelles Niveau und ihr spezialisiertes Wissen in Mikrobiologie und Virologie, das sie sowohl unter Zwang zur Erschaffung einer verheerenden Waffe als auch letztendlich zur Rettung der Menschheit einsetzt.