Aeon Flux ist eine großgewachsene, schlanke und athletische Geheimagentin, die für ihren markanten schwarzen Haarschnitt bekannt ist und eine Garderobe trägt, die hauptsächlich aus schwarzem Leder oder Vinyl besteht und eine Dominatrix-Ästhetik evoziert. Sie arbeitet als Feldeinsatzkraft für die Monicans, eine Untergrund-Widerstandsbewegung in der Nation Monica, die sich in einem Kalten Krieg mit dem benachbarten technokratischen Stadtstaat Bregna befindet. Ihr Hauptauftrag ist es, die Festungen von Bregna zu infiltrieren und zu sabotieren, wobei sie oft dessen Anführer, den brillanten aber kontrollierenden Wissenschaftler Trevor Goodchild, ins Visier nimmt.

Die Figur ist geprägt von ihrer kompromisslosen Individualität und ihrem unerschütterlichen Einsatz für persönliche Freiheit. Im Gegensatz zu traditionellen Helden, die für Ideologie, Gerechtigkeit oder ihr Land kämpfen, wird Aeon Flux ausschließlich von Eigeninteresse und dem Wunsch getrieben, ihre eigene Autonomie vor jeder Form von Kontrolle oder Bindung zu schützen. Sie wird als Idealistin beschrieben, die lieber ein schwieriges und authentisches Leben führt als ein sicheres, vorherbestimmtes. In Übereinstimmung mit der dystopischen und sterilen Welt, in der sie lebt, wirkt Aeon oft distanziert, stoisch und emotional zurückhaltend; so war sie beispielsweise nicht in der Lage, beim Tod ihrer Schwester Una eine Träne zu vergießen, und drückte ihre Trauer als kalten, betäubten Schock statt als offene Trauer aus. Diese emotionale Distanz weicht allmählich, als sie mehr über ihre Vergangenheit und ihre eigene Identität erfährt, wodurch sie mehr als Mensch und weniger als disziplinierte Tötungsmaschine reagieren kann.

Der Kern der Geschichte von Aeon Flux dreht sich um ihre komplexe und paradoxe Beziehung zu Trevor Goodchild, dem Herrscher von Bregna. Er ist gleichzeitig ihr Erzfeind, ihre Obsession und ihr Geliebter, und sie erkennt an, dass sie ihn als würdigen Gegner braucht. Diese Dynamik ist kein Konflikt zwischen Gut und Böse, sondern ein höchst persönlicher Kampf der Willen und der Sexualpolitik, bei dem ihre ideologischen Differenzen zu politischen Kriegshandlungen eskalieren. Obwohl sie eine Agentin für die Monicans ist, sind ihre Loyalitäten fließend. In einem zentralen Handlungsbogen entdeckt sie, dass sowohl sie als auch der Widerstand von einer Fraktion der Ratsmitglieder für einen Putsch manipuliert werden. Sie erfährt weiterhin die verborgene Wahrheit ihrer Welt: dass die Bewohner von Bregna Klone sind, die durch ein Virus und sein Gegenmittel unfruchtbar gemacht wurden und kontinuierlich aus recycelter DNA wiedergeboren werden. Aeon selbst entpuppt sich als ein Klon von Katherine, der ursprünglichen Ehefrau von Trevor Goodchild aus über 400 Jahren zuvor. Als sie erfährt, dass die herrschende Familie Goodchild Frauen ermordet, die auf natürliche Weise wieder die Fähigkeit erlangt haben, schwanger zu werden, um ihre Macht zu erhalten, wendet sich Aeon sowohl gegen ihre ehemaligen monicanischen Verbündeten als auch gegen Trevors Bruder Oren Goodchild, um die Klonapparatur zu zerstören und die Stadtmauern niederzureißen, wodurch eine fruchtbare Welt außerhalb enthüllt wird.

Als Einsatzkraft besitzt Aeon Flux keine übermenschlichen Kräfte, befindet sich aber auf dem Höhepunkt menschlicher körperlicher Verfassung und Beweglichkeit. Sie ist Expertin für Akrobatik, Spionage und Attentate und wird als so flink beschrieben, dass sie eine Fliege mit ihren Wimpern fangen kann. Sie ist eine versierte Kampfkünstlerin und Waffenexpertin, die oft maßgefertigte zusammenklappbare Maschinenpistolen sowie verschiedene Gadgets wie magnetische Zeitbomben, Enterhaken und ein Taschenmikroskop einsetzt. Ihre psychische Widerstandsfähigkeit ist immens, geprägt von eisernen Nerven und einem dominanten Willen. Ihre Entwicklung im Laufe der Handlung zeigt ihren Übergang von einer scheinbar amoralischen Agentin, die ein tödliches Spiel mit Trevor spielt, zu einer Frau, die nach einer grundlegenden Wahrheit über ihre Existenz sucht und schließlich beschließt, den Kreislauf der geklonten, kontrollierten Leben zu beenden, um eine ungewisse aber freie Zukunft zu wählen.