Zwei Priester im Dienst des Vatikans werden damit beauftragt, weltweit gemeldete Wunder zu untersuchen, doch ihre Arbeit deckt oft finstere Verschwörungen und Mord auf statt göttlicher Intervention. Die Geschichte folgt Hiraga Josef Kou, einem brillanten japanischen Wissenschaftler und gläubigen Katholiken, der Mathematik und Chemie nutzt, um angebliche übernatürliche Ereignisse zu analysieren, und Roberto Nicholas, einem italienischen Experten für antike Dokumente und Kryptanalyse, der die wissenschaftliche Strenge seines Partners durch tiefes Wissen in Theologie und Linguistik ergänzt. Sie operieren unter der „Stätte der Heiligen“, einem geheimen Vatikanbüro, das der Überprüfung oder Widerlegung wundersamer Behauptungen – von Stigmata bis zu Marienerscheinungen – gewidmet ist.

Die Partnerschaft basiert auf kontrastierenden Stärken und einem gemeinsamen Pflichtgefühl. Josef besitzt kaum praktische Lebensfertigkeiten, hat aber einen außergewöhnlich analytischen Verstand, während Roberto alltägliche Aufgaben übernimmt und eine ruhige, fürsorgliche Präsenz mitbringt, die eine traumatische Kindheit – geprägt vom Mord seines Vaters an seiner Mutter – verbirgt. Roberto kämpft auch mit Erinnerungen an einen verstorbenen Freund, dessen Güte ihn einst rettete. Josef wird von seinem jüngeren Bruder Ryota verfolgt, der in einem deutschen Krankenhaus an unheilbarem Knochenkrebs leidet und die mysteriöse Fähigkeit besitzt, Wesen namens Todesengel zu sehen. Die beiden Priester werden unterstützt von Erzbischof Saul, ihrem beschützenden Vorgesetzten, und Lauren Di Luca, einer brillanten Hackerin, die im Vatikan inhaftiert ist, aber gezwungen wird, sie bei Nachrichtendienstarbeiten zu unterstützen.

Während sie Kirchen und abgelegene Missionen besuchen, um angebliche Wunder zu untersuchen, decken Josef und Roberto stets logische Erklärungen für scheinbar heilige Ereignisse auf, geraten aber auch in rituelle Morde und satanische Verschwörungen verstrickt. Ihre Ermittlungen führen sie zu einem wiederkehrenden Widersacher namens Priester Julia, einer wohlwollend wirkenden Missionarin, die insgeheim machiavellistische Anführerin von Galdoune ist, einer alten Organisation, die bis ins Mittelalter zurückreicht. Galdoune strebt danach, den Vatikan durch obskure alchemistische und wissenschaftliche Experimente zu kontrollieren, die auf Unsterblichkeit abzielen. Bemerkenswerte Handlungsbögen umfassen den Dark-Academy-Fall mit einer unheimlichen Internatsschule, den Satan-Judgment-Bogen, der dämonische Besessenheit erforscht, und eine sich vertiefende Konfrontation mit Galdoune, die den Glauben und die Freundschaft der Priester auf die Probe stellt, während sie darum ringen, zu bestimmen, ob wahre Wunder in einer Welt menschlicher Bosheit existieren können.