Auf der Ostseite Tokios gelegen, mit einem beherrschenden Blick auf den zerstörten alten Funkturm, ist das Café LycoReco ein stilvolles und unaufdringliches Etablissement, das als Tarnung für einen geheimen Zweig der Direct-Attack-Organisation dient. Hier führen Elite-Lycoris-Agentinnen, die von Kindesbeinen an als Undercover-Attentäterinnen ausgebildet wurden, um Japans künstlichen Frieden aufrechtzuerhalten, ihre Missionen zwischen dem Brühen von Kaffee und dem Servieren von Desserts aus. Der Light Novel sammelt eine Reihe von originalen, in sich abgeschlossenen Episoden, die den Alltag des Café-Personals schildern und sich auf die außergewöhnliche Normalität konzentrieren, die seine beiden außergewöhnlichsten Agentinnen finden: die legendäre und übermenschlich intuitive Chisato Nishikigi und die ernste, regelgebundene Quereinsteigerin Takina Inoue.

Die Erzählung wird durch die Perspektive von Kazuhiko gerahmt, einem freiberuflichen Zeitschriftenautor, der Stammgast im LycoReco wird, nachdem ihm höflich die Erlaubnis verweigert wurde, das Café in einem Artikel zu porträtieren. Durch seine Beobachtungen und Interaktionen mit dem exzentrischen Personal werden die Leser in eine Reihe von eigenständigen Erzählbögen eingeführt, die die Charaktere jenseits der Haupt-Handlung des Animes erkunden. In einer Geschichte interpretiert Chisato Takinas aufmerksames Verhalten gegenüber einem depressiven älteren Kunden begeistert falsch und löst ein komisches Missverständnis aus, das Chisato für eine Liebesangelegenheit hält, sehr zum Verdruss aller anderen. Eine andere Mission wechselt zur Action, als das Duo in einen Drogenhandelsring eindringt und ihre tödliche Synchronizität im Kampf demonstriert, obwohl Chisato weiterhin auf ihre charakteristischen Gummigeschosse setzt.

Die Sammlung bewegt sich durch ein breites Spektrum an Stimmungen, von leichtherziger Komödie bis zu überraschend düsterem Drama. Als Takina an der Reihe ist zu kochen, führt ihr starres und wortgetreues Herangehen an Ernährung zu einer Serie von zunehmend spartanischen und sich wiederholenden Mittagessen, was den Rest des Personals zwingt, einen einfühlsamen Weg zu finden, um eine abwechslungsreichere Speisekarte zu erbitten, ohne ihre Gefühle zu verletzen. Die bemerkenswerteste actionlastige Geschichte, LycoReco of the Dead, präsentiert ein Zombie-Apokalypsen-Szenario, entweder ein Traum oder eine alternative Realität, in dem Chisato und Takina sich durch eine Horde kämpfen müssen, um Hilfe zu finden. Dieser Bogen dient als tiefgehende Erkundung von Takinas Unterbewusstsein und enthüllt ihre wachsende Erkenntnis, dass eine Welt, in der nur sie und Chisato übrig bleiben, vielleicht kein schreckliches Schicksal wäre. Die Erzählung scheut jedoch nicht vor den dunkleren Implikationen ihrer Welt zurück. Eine wiederkehrende Kundin, ein Mittelschulmädchen namens Kana, leidet unter schrecklichem Mobbing und Missbrauch in der Schule und zu Hause. Die Geschichte folgt einem angespannten, emotionalen Bogen, in dem Kana erwägt, ihre Peiniger zu ermorden, was das LycoReco-Personal zwingt, in eine heikle und realistische Krise einzugreifen, die sich scharf von ihren üblichen Schießereien abhebt. Durch diese vielfältigen Episoden zeichnet der Roman ein vollständiges Bild des Cafés als einen Ort der Zuflucht, an dem selbst mit dem Töten beauftragte Agentinnen flüchtige Momente des Friedens, der Verbindung und den Anschein eines gewöhnlichen Lebens finden können.