Nach ihrer langen und turbulenten Beziehung haben Koyomi Araragi und Hitagi Senjougahara endlich geheiratet. Ihre Hochzeitsreise ist jedoch alles andere als gewöhnlich. Begleitet von der Vampirin Shinobu Oshino, die Koyomi offiziell als seine Tochter adoptieren möchte, und ihrer Kouhai Suruga Kanbaru brechen die Frischvermählten zu einer Reise auf, die zugleich eine Untersuchung eines übernatürlichen Phänomens im Zusammenhang mit einem Killenstein darstellt. Koyomi, der nun als FBI-Auszubildender aufgrund ihrer Karrieren getrennt von Hitagi lebt, hofft, dass diese Reise der perfekte Moment ist, um das heikle Thema der Adoption Shinobus mit seiner Frau zu besprechen.

Die Geschichte mit dem Titel Hitagi Honeymoon spielt hauptsächlich während dieser zweitägigen, dreitächtigen Reise. Vor der Abreise trifft Koyomi alte Bekannte wieder, darunter die nun körperlich gereifte, aber geistig kindliche Mayoi Hachikuji und die zurückgezogene Sodachi Oikura. Unterwegs ist die Dynamik ungewöhnlich, doch vertraut: Hitagi fährt, während Shinobu in einem Kindersitz sitzt, und Kanbaru, die sich im fünften Jahr ihres Medizinstudiums befindet, schließt sich der Gruppe an. Der zentrale Konflikt ergibt sich aus Koyomis innerem Kampf. Er möchte Shinobu seinen Familiennamen geben, doch Shinobu, belastet von ihren vergangenen Sünden, Menschen zu verzehren, lehnt den Gedanken ab, da sie glaubt, keinen solchen Platz in seinem Leben zu verdienen. Nach einem Moment der Spannung zieht sie sich in Koyomis Schatten zurück und weigert sich, herauszukommen.

Auf der Suche nach Rat wendet sich Koyomi an eine internalisierte Version von Tsubasa Hanekawa, die ihm hilft zu erkennen, dass sein Plan für Shinobu zuerst von Shinobu selbst akzeptiert werden muss, nicht nur von Hitagi. Als ein Sturm aufzieht und die Sicht auf die Sterne am malerischen Senjougahara-Wahrzeichen versperrt, bahnt sich eine überraschende Lösung an. Es ist Hitagi, die enthüllt, dass sie diesen Wunsch schon lange erwartet hat, und die Adoption als praktische Lösung vorschlägt. Sie erklärt, wenn sie ihrer eigenen Mutter für vergangenes Unrecht vergeben kann, könne sie sicherlich Shinobu in ihre Familie aufnehmen. Gerührt teilt Shinobu mit einem legendären Schwert namens Nenekirimaru die Regenwolken und gibt den Nachthimmel frei.

Die Hochzeitsreise endet mit einer neu geschmiedeten Familienbande, doch die Nachwirkungen führen zu einer großen Verschiebung im Status Quo der Serie. Die dramatische Zurschaustellung übernatürlicher Kräfte zieht die Aufmerksamkeit der Behörden auf sich, und eine zufällige Wirtschaftskrise verwickelt Hitagis Unternehmen. Infolgedessen werden Koyomi, Hitagi und Shinobu in ein Zeugenschutzprogramm aufgenommen, das sie zwingt, ihre Namen und Identitäten aufzugeben. Der Roman endet mit einer direkten Ansprache an den Leser, in der erklärt wird, dass die Charaktere für eine Weile schweigen müssen und neue Namen annehmen werden, was ihre zukünftigen Auftritte in der Serie ungewiss lässt. Dieser Teil, der erste in der Family Season, bereitet den Weg für eine neue Ära, in der der ursprüngliche Name des Protagonisten möglicherweise nicht mehr verwendet wird.