Ein geheimes Abkommen aus dem Kalten Krieg zwischen Japan und den Vereinigten Staaten führt zum Bau der Seabat, einem hochmodernen Atom-U-Boot, das gemeinsam von der japanischen Marine und der US Navy betrieben wird. Die Tarnung für ihren Stapellauf ist ein tragischer Unfall: Das japanische Diesel-U-Boot Yamanami kollidiert mit einem amerikanischen Atom-U-Boot, wobei angeblich alle 76 Besatzungsmitglieder getötet werden, einschließlich ihres Kapitäns Shiro Kaieda. In Wirklichkeit überleben Kaieda und seine Crew und werden auf die Seabat versetzt.

Auf ihrer Jungfernfahrt übernimmt Kapitän Kaieda die Kontrolle über das U-Boot, tauft es in Yamato um und erklärt es zu einer unabhängigen und souveränen Nation. Er bewaffnet das Schiff mit Atomraketen, macht es so zu einem Schurkenstaat ohne feste Grenzen, und kündigt an, nach Tokio zu fahren, um ein Bündnis mit Japan zu schließen. Die Vereinigten Staaten, die die Yamato als terroristische Bedrohung betrachten, mobilisieren die Siebte Flotte mit dem Befehl, sie zu versenken. Die japanische Regierung gerät in Chaos, gespalten zwischen denen, die Kaieda als Verräter sehen, und denen, die eine Chance sehen, die nachkriegsverfassungsrechtlichen Beschränkungen ihrer Streitkräfte herauszufordern. Hiroshi Fukamachi, Kaiedas ehemaliger Klassenkamerad und Kapitän des japanischen U-Boots Tatsunami, wird entsandt, um sich seinem Freund zu stellen. Er versucht herauszufinden, ob Kaieda ein gefährlicher Extremist oder ein Patriot ist, der einen radikalen Plan ausführt, um Japan von der amerikanischen Vorherrschaft zu befreien.

Während die Yamato der US Navy in einer Reihe von Unterwasserkonfrontationen überlegen ist, eskalieren die geopolitischen Einsätze bis an den Rand eines Krieges. Die japanische Regierung, unter dem Druck der öffentlichen Meinung, die durch Kaiedas charismatische Sendungen beeinflusst wird, stimmt einem Treffen mit ihm zu. Die Yamato fährt in die Tokioter Bucht ein, und ein Bündnis zwischen Japan und diesem neuen unabhängigen Staat wird geschlossen. Präsident Bennett der Vereinigten Staaten weigert sich, dieses Ergebnis zu akzeptieren, und ordnet einen direkten militärischen Angriff auf die japanische Flottille an, die die Yamato unterstützt. In der finalen Konfrontation wird die Tatsunami versenkt, während sie die Yamato verteidigt, die entkommt, um ihre Mission fortzusetzen, die bestehende militärische und politische Weltordnung herauszufordern.