Im Jahr 2022 befindet sich Japan seit einem halben Jahrhundert in einem sozio-politischen Krisenzustand. Nachdem die Regierung eine Politik der Koexistenz zwischen Menschen und Kaijin erklärt hat – veränderten Humanoiden, die durch geheime Experimente erschaffen wurden – ist die Gesellschaft gespalten. Diskriminierung, Gewalt und Terrorismus sind weit verbreitet, wobei Hassgruppen auf Aktivist:innen treffen, die gleiche Rechte fordern. In dieser chaotischen Welt kämpft eine junge, idealistische Menschenrechtsaktivistin namens Aoi Izumi darum, die Verfolgung der Kaijin zu beenden. Ihr Streben nach Gerechtigkeit führt sie zu einer schicksalhaften Begegnung mit einem müden, desillusionierten Mann: Kotaro Minami.

Kotaro ist ein ehemaliges Mitglied von Gorgom, einer militanten Gruppe, die ursprünglich für die Befreiung der Kaijin kämpfte, sich aber inzwischen in eine politische Organisation verwandelt hat, die ein sterbendes, gottähnliches Wesen namens Creation King verehrt. Kotaro ist kein gewöhnlicher Mensch; er ist ein Kaijin, bekannt als Black Sun, ein Auserwählter, der zum nächsten Creation King werden soll. Sein Körper beherbergt einen von zwei Kingstones, mystischen Objekten immenser Macht. Der andere Kingstone gehört seinem Blutsbruder Nobuhiko Akizuki, der seit fünfzig Jahren inhaftiert und experimentell missbraucht wurde und als Shadow Moon bekannt ist.

Die Erzählung entfaltet sich in drei miteinander verbundenen Zeitebenen. Die erste enthüllt die Ursprünge der Kaijin in der Mitte des 20. Jahrhunderts, als die japanische Regierung unter Führung des berechnenden Politikers Shinichi Tounami grauenhafte biologische Waffenexperimente an menschlichen Versuchspersonen durchführte und so den ersten Creation King erschuf. Die zweite Zeitebene folgt Kotaro und Nobuhiko als Kindern in den 1970er Jahren. Nachdem sie von einem mit dem Projekt verbundenen Wissenschaftler adoptiert wurden, werden die beiden Jungen gewaltsam zu Cyborgs umgewandelt und mit den Kingstones ausgestattet. Sie schließen sich einer revolutionären Gruppe namens Gorgom (ursprünglich "Five Laws of Protection") an, um für die Rechte der Kaijin zu kämpfen, doch eine gewaltsame Konfrontation mit den Behörden führt zu Nobuhikos Gefangennahme und Kotaros Flucht, der daraufhin jahrzehntelang umherirrt.

In der Gegenwart ist Kotaro ein widerstrebender Held, von seiner Vergangenheit verfolgt und nicht willens, sich in den eskalierenden Konflikt einzumischen. Doch sein Zusammentreffen mit Aoi, die ein Anhänger mit einem Fragment der Kingstones trägt, entfacht den Kampf erneut. Nobuhiko, der endlich aus seiner Gefangenschaft ausgebrochen ist, sucht Kotaro auf. Im Gegensatz zu seinem Bruder hat Nobuhiko seine Entschlossenheit nicht verloren. Er ist entschlossen, ihr altes Versprechen zu erfüllen: den leidenden Creation King zu töten und das Gorgom-System endgültig zu zerstören. Dazu muss er Kotaros Kingstone gewaltsam entnehmen und mit seinem eigenen vereinen.

Die Serie erkundet die aufeinanderprallenden Ideologien ihrer beiden Protagonisten. Kotaro, der zu viel Blutvergießen gesehen hat, glaubt, dass die Tötung des Creation Kings nur zu mehr Chaos führen wird und dass wahrer Frieden den Kreislauf des Hasses durchbrechen erfordert, nicht nur seine Quelle zu zerstören. Nobuhiko, abgehärtet durch sein halbes Jahrhundert der Qual, wählt eine faschistoide Lösung: Er wird die Macht des neuen Creation Kings nutzen, um sowohl über Menschen als auch Kaijin zu herrschen und sie durch Unterwerfung zur Ordnung zu zwingen. Ihr Konflikt wird von den Gorgom-Priestern Darom, Bishium und Baraom manipuliert, die ihre Macht erhalten wollen, sowie von Premierminister Tounami, der die Kaijin als entbehrliche Werkzeuge für politischen Gewinn und militärische Stärke betrachtet.

Während der Kampf sich zuspitzt, findet sich Aoi zwischen den beiden ehemaligen Brüdern wieder. Sie verkörpert einen dritten Weg, einen der echten Koexistenz und des gewaltfreien Widerstands, der sogar zynische Monster wie den Wal-Kaijin und den Fledermaus-Kaijin inspiriert, sich ihren Herren zu widersetzen. Die Geschichte gipfelt in einer brutalen Konfrontation, in der Kotaro gezwungen ist, sein Schicksal anzunehmen – nicht als Eroberer, sondern als Märtyrer. Er lässt zu, zum neuen Creation King zu werden, und gibt damit Aoi und dem Widerstand die Chance, den Kreislauf endgültig zu beenden, indem sie ihn zerstören. Der letzte Akt ist eine tragische Dekonstruktion des Heldenmythos, die hinterfragt, ob wahre Gerechtigkeit durch Macht erreicht werden kann und ob ein Monster jemals wirklich frei sein kann. Die Serie endet nicht mit einer Siegesfeier, sondern mit einem ernüchternden Blick auf die fortbestehenden Narben des Vorurteils und den langen, schwierigen Weg zu echter Gleichberechtigung, und legt nahe, dass die wahren Monster nicht die Kaijin sind, sondern die Systeme und Ideologien, die sie erschaffen.