"Gate Runner" ist eine Manga-Serie, die in einer futuristischen Welt angesiedelt ist, in der Technologie und mystische Elemente verschmelzen. Die Handlung dreht sich um den Protagonisten Kaito, einen jungen Mann, der in einer von Megakonzernen dominierten Gesellschaft lebt. Diese Konzerne kontrollieren den Zugang zu den sogenannten "Gates", mysteriöse Portale, die zu anderen Dimensionen führen, in denen seltene Ressourcen und gefährliche Kreaturen zu finden sind. Kaito, ein talentierter aber mittelloser "Runner", verdient seinen Lebensunterhalt damit, durch diese Gates zu reisen und wertvolle Güter zu beschaffen.

Kaitos Leben ändert sich schlagartig, als er während einer Mission auf eine geheimnisvolle Frau namens Lira trifft, die über außergewöhnliche Kräfte verfügt und von einem mächtigen Konzern gejagt wird. Lira trägt ein Artefakt bei sich, das die Macht der Gates kontrollieren kann, und wird zur Zielscheibe verschiedener Fraktionen, die diese Macht für ihre eigenen Zwecke nutzen wollen. Kaito beschließt, Lira zu beschützen, und begibt sich auf eine gefährliche Reise, die ihn nicht nur durch verschiedene Dimensionen führt, sondern auch die dunklen Geheimnisse der Gates und der Konzerne enthüllt.

Im Laufe der Geschichte werden weitere Charaktere eingeführt, darunter Ryu, ein ehemaliger Runner, der Kaito als Mentor dient, und Sera, eine Hackerin, die sich den Konzernen widersetzt. Die Serie thematisiert Machtkämpfe, moralische Dilemmata und die Auswirkungen von Technologie auf die Gesellschaft. Die Handlung ist geprägt von intensiven Actionsequenzen, politischen Intrigen und der allmählichen Enthüllung der wahren Natur der Gates und ihrer Verbindung zur menschlichen Zivilisation.