"Rokudenashi Majutsu Kōshi to Akashic Records" spielt in einer Welt, in der Magie eine zentrale Rolle spielt und an der Alzano Imperial Magic Academy gelehrt wird. Die Geschichte beginnt mit dem Eintreffen des neuen Lehrers Glenn Radars, der den Platz der beliebten Sistine Fibel einnimmt. Glenns lässige und unkonventionelle Art des Unterrichtens stößt zunächst auf Ablehnung bei den Schülern, insbesondere bei Sistine und ihrer Freundin Rumia Tingel. Glenn scheint faul und desinteressiert zu sein, doch im Laufe der Zeit zeigt sich, dass er über tiefgreifende Kenntnisse und Fähigkeiten verfügt, die weit über das hinausgehen, was er preisgibt.

Sistine Fibel, eine begabte und ehrgeizige Schülerin, ist von Glenns Verhalten enttäuscht, da sie von ihrem verstorbenen Großvater, einem berühmten Magier, inspiriert wurde und hohe Erwartungen an ihre Ausbildung hat. Rumia Tingel, eine freundliche und einfühlsame Schülerin, steht Sistine zur Seite und versucht, die Situation zu entschärfen. Beide Schülerinnen entwickeln im Laufe der Zeit eine engere Beziehung zu Glenn, der sich als komplexer Charakter erweist, der eine dunkle Vergangenheit hat.

Die Handlung vertieft sich, als die Akademie und ihre Schüler in eine Reihe von gefährlichen Ereignissen verwickelt werden, die mit der mysteriösen Organisation "Heaven's Crystal" zusammenhängen. Diese Gruppe verfolgt finstere Ziele, die die magische Welt bedrohen. Glenns wahre Identität und seine Verbindung zu dieser Organisation werden nach und nach enthüllt, was seine Rolle als Beschützer und Mentor für seine Schüler weiter unterstreicht.

Im Laufe der Serie werden die Charaktere vor moralische Dilemmata gestellt, und es wird deutlich, dass Magie nicht nur ein Werkzeug, sondern auch eine Quelle großer Verantwortung ist. Die Beziehungen zwischen den Charakteren entwickeln sich weiter, und es werden Themen wie Vertrauen, Loyalität und die Bedeutung von Bildung und persönlichem Wachstum behandelt. Die Handlung ist geprägt von einer Mischung aus Action, Humor und emotionalen Momenten, die die Entwicklung der Charaktere und die Komplexität der magischen Welt beleuchten.