"Soul Eater Not!" ist ein Spin-off der beliebten Manga-Serie "Soul Eater" und spielt in derselben Welt, jedoch mit einem Fokus auf einer anderen Gruppe von Charakteren. Die Handlung dreht sich um Tsugumi Harudori, ein junges Mädchen, das neu an der Shibusen-Akademie ist, einer Schule, die Meister und Waffen ausbildet, um gegen die Bedrohung durch Wahnsinn und böse Kreaturen zu kämpfen. Tsugumi ist eine sogenannte "NOT"-Schülerin, was bedeutet, dass sie noch nicht als vollwertige Waffe oder Meisterin eingestuft ist und zunächst grundlegende Fähigkeiten erlernen muss.

An der Akademie trifft Tsugumi auf zwei weitere NOT-Schülerinnen: Meme Tatane, eine freundliche und etwas naive Waffe, und Anya Hepburn, eine zurückhaltende und mysteriöse Meisterin. Die drei bilden ein Team und lernen, zusammenzuarbeiten, während sie sich den Herausforderungen des Schulalltags und den Gefahren der Außenwelt stellen. Im Gegensatz zur Hauptserie "Soul Eater" liegt der Fokus hier weniger auf epischen Kämpfen, sondern mehr auf dem täglichen Leben der Schülerinnen, ihren Beziehungen und ihrem Wachstum als Individuen.

Die Handlung erkundet die Dynamik zwischen den Charakteren, ihre persönlichen Hintergründe und die Entwicklung ihrer Fähigkeiten. Tsugumi entdeckt nach und nach ihre eigene Identität als Waffe, während Meme und Anya ihre eigenen Stärken und Schwächen erkennen. Neben den Hauptcharakteren gibt es auch Gastauftritte von Figuren aus der Hauptserie, die die Verbindung zwischen den beiden Geschichten herstellen.

Die Serie bietet eine Mischung aus Slice-of-Life-Elementen, humorvollen Momenten und gelegentlichen Action-Szenen, wobei der Ton insgesamt leichter und weniger düster ist als in "Soul Eater". Die Welt der Shibusen-Akademie wird weiter ausgebaut, und es werden neue Facetten der Beziehungen zwischen Meistern und Waffen sowie der Struktur der Akademie selbst beleuchtet.