"Fractale" ist eine Manga-Serie, die in einer futuristischen Welt spielt, in der die Gesellschaft durch ein allgegenwärtiges Computersystem namens "Fractale-System" organisiert wird. Dieses System ermöglicht es den Menschen, in einer scheinbar perfekten Utopie zu leben, in der physische Arbeit und soziale Interaktion weitgehend überflüssig geworden sind. Die Handlung beginnt mit dem Protagonisten Clain, einem jungen Mann, der in einer abgelegenen Region lebt und ein ruhiges, zurückgezogenes Leben führt. Clain ist fasziniert von der alten Technologie und träumt davon, die Geheimnisse des Fractale-Systems zu ergründen.

Eines Tages begegnet Clain einem mysteriösen Mädchen namens Phryne, das auf der Flucht vor unbekannten Verfolgern zu sein scheint. Phryne hinterlässt Clain einen seltsamen Anhänger, der sich als Schlüssel zu einem wichtigen Geheimnis des Fractale-Systems erweist. Kurz darauf taucht ein kleines, roboterähnliches Wesen namens Nessa auf, das aus dem Anhänger hervorgeht und behauptet, eine "Doppelgängerin" von Phryne zu sein. Nessa ist ein Hologramm, das durch das Fractale-System erzeugt wird, und ihre Existenz wirft Fragen über die Natur des Systems und seine Auswirkungen auf die menschliche Gesellschaft auf.

Clain beschließt, Phryne zu suchen, und begibt sich auf eine Reise, die ihn durch verschiedene Regionen der Welt führt. Dabei trifft er auf unterschiedliche Gruppen von Menschen, die entweder das Fractale-System unterstützen oder sich gegen es auflehnen. Eine dieser Gruppen ist die Sekte "Lost Millennium", die das System als Bedrohung für die menschliche Freiheit ansieht und dessen Zerstörung anstrebt. Clain erfährt, dass Phryne eine Schlüsselrolle in der Aufrechterhaltung des Systems spielt und dass ihre Entführung Teil eines größeren Plans ist, das System zu destabilisieren.

Im Laufe der Geschichte werden die komplexen Beziehungen zwischen den Charakteren und ihre Motivationen enthüllt. Phryne ist nicht nur ein einfaches Mädchen, sondern eine "Priesterin" des Fractale-Systems, die dazu bestimmt ist, dessen Funktionen zu überwachen. Nessa, die zunächst als harmloses Hologramm erscheint, entwickelt sich zu einer eigenständigen Persönlichkeit, die ihre eigene Rolle in der Welt zu finden versucht. Clain wird in einen Konflikt hineingezogen, der nicht nur sein eigenes Schicksal, sondern auch die Zukunft der gesamten Menschheit betrifft.

Die Handlung von "Fractale" verbindet Elemente von Science-Fiction, Abenteuer und sozialer Kritik. Sie untersucht Themen wie die Abhängigkeit von Technologie, die Bedeutung menschlicher Beziehungen und die Konsequenzen einer zentralisierten Kontrolle über die Gesellschaft. Die Charaktere sind vielschichtig und entwickeln sich im Laufe der Geschichte weiter, während die Handlung durch unerwartete Wendungen und Enthüllungen vorangetrieben wird.