"Welcome to Japan, Ms. Elf!" erzählt die Geschichte von Kazuhiro Kitase, einem jungen Mann, der in seinen Träumen regelmäßig in eine fantastische Welt reist, in der er als Abenteurer lebt. In dieser Traumwelt trifft er auf Mariabelle, eine Elfe, die seine Gefährtin wird. Die beiden erleben gemeinsam zahlreiche Abenteuer und entwickeln eine enge Bindung. Eines Tages wacht Kazuhiro jedoch nicht allein auf, sondern findet Mariabelle plötzlich in der realen Welt neben sich. Die Elfe, die nun in der modernen japanischen Gesellschaft zurechtkommen muss, ist fasziniert und zugleich verwirrt von der fremden Umgebung.

Die Handlung folgt den beiden Protagonisten, wie sie sich an das Leben in Japan anpassen und gleichzeitig die Verbindung zu ihrer Traumwelt aufrechterhalten. Mariabelle erkundet die moderne Welt mit kindlicher Neugier und entdeckt die Vorzüge der Technologie, des Essens und der Kultur, während Kazuhiro versucht, ihr das Leben in der realen Welt zu erleichtern. Gleichzeitig kehren sie weiterhin in ihre Traumwelt zurück, um ihre Abenteuer fortzusetzen und neue Herausforderungen zu meistern.

Die Dynamik zwischen Kazuhiro und Mariabelle steht im Mittelpunkt der Geschichte. Ihre Beziehung entwickelt sich von einer reinen Gefährtenschaft zu einer tieferen emotionalen Verbindung, die sowohl in der realen als auch in der Traumwelt getestet wird. Die Serie verbindet Elemente des Isekai-Genres mit Slice-of-Life-Momenten, wodurch eine einzigartige Mischung aus Fantasy und Alltagsgeschichten entsteht. Die Charaktere werden durch ihre Interaktionen und die Herausforderungen, die sie in beiden Welten bewältigen müssen, weiterentwickelt.