"Undefeated Bahamut Chronicle" spielt in einer Welt, in der mächtige Waffen, bekannt als "Drag-Ride", von ausgewählten Individuen namens "Drag-Knights" kontrolliert werden. Diese Waffen stammen aus einer alten Zivilisation und verleihen ihren Nutzern übermenschliche Fähigkeiten. Die Handlung konzentriert sich auf Lux Arcadia, den ehemaligen Prinzen des untergegangenen Arcadia-Imperiums, der aufgrund eines Vorfalls in seiner Vergangenheit als "Untauglicher" gilt und sich als Diener an der Akademie verdingt. Trotz seines Status besitzt Lux ein tiefes Verständnis für Drag-Rides und hegt den Wunsch, die Welt zu verändern.

Die Geschichte nimmt Fahrt auf, als Lux versehentlich in einen Vorfall verwickelt wird, bei dem er die Prinzessin des neuen Königreichs, Lisesharte Atismata, vor einem Angriff rettet. Dabei offenbart er seine Fähigkeiten als Drag-Knight und wird in die Akademie aufgenommen, wo er sich einer Gruppe von Schülerinnen anschließt, die als "Akademie-Sieben" bekannt sind. Diese Gruppe besteht aus talentierten Drag-Knights, darunter Lisesharte, die ehrgeizige Krulcifer Einfolk, die ruhige Philuffy Aingram und andere. Lux wird in ihre Missionen und Konflikte hineingezogen, während er versucht, seine Vergangenheit zu bewältigen und seine Ziele zu verfolgen.

Im Laufe der Serie enthüllt sich, dass die Drag-Rides mit einem größeren Geheimnis verbunden sind, das die Existenz der Welt bedroht. Lux und seine Gefährten müssen sich gegen mächtige Feinde stellen, darunter die "Abyss", eine mysteriöse Organisation, die die Kontrolle über die alten Technologien anstrebt. Die Charaktere entwickeln sich durch ihre Kämpfe und Beziehungen weiter, wobei Lux‘ Rolle als Schlüsselfigur immer deutlicher wird. Seine Fähigkeit, das legendäre Drag-Ride "Bahamut" zu kontrollieren, spielt eine zentrale Rolle im Kampf gegen die drohende Gefahr.

Die Handlung verbindet Action, politische Intrigen und persönliche Konflikte, während die Charaktere mit ihren eigenen Motivationen und Hintergründen konfrontiert werden. Lux‘ Bemühungen, seine Vergangenheit zu überwinden und eine bessere Zukunft zu schaffen, bilden den emotionalen Kern der Geschichte, während die Welt um ihn herum von den Geheimnissen der alten Zivilisation und den Machtkämpfen der Gegenwart geprägt ist.