"Pure Select (Manga)" handelt von einer Gruppe von Schülern, die in einer Welt leben, in der die Gesellschaft durch ein strenges Klassensystem unterteilt ist. Die Handlung spielt in einer nahen Zukunft, in der die Menschen aufgrund ihrer genetischen Veranlagung und ihres sozialen Status in verschiedene Kategorien eingeteilt werden. Die Protagonisten sind Schüler einer Elite-Akademie, die darauf abzielt, die nächste Generation von Führungskräften auszubilden. Die Akademie ist jedoch nicht nur ein Ort des Lernens, sondern auch ein Schauplatz für politische Intrigen und Machtkämpfe.

Die Hauptfigur, ein junger Mann namens Kaito, stammt aus einer niedrigeren sozialen Schicht, schafft es jedoch durch außergewöhnliche Fähigkeiten und harte Arbeit, einen Platz an der Akademie zu ergattern. Dort trifft er auf eine Gruppe von Gleichaltrigen, die alle ihre eigenen Ambitionen und Geheimnisse haben. Unter ihnen ist Aya, eine begabte Schülerin, die aus einer einflussreichen Familie stammt, aber unter dem Druck ihrer Herkunft leidet. Ein weiterer wichtiger Charakter ist Ren, ein mysteriöser Schüler, der scheinbar übernatürliche Fähigkeiten besitzt und oft im Mittelpunkt von Gerüchten steht.

Die Handlung entwickelt sich um die Konflikte und Beziehungen zwischen den Schülern, während sie versuchen, in der streng hierarchischen Gesellschaft ihren Platz zu finden. Dabei werden Themen wie soziale Ungleichheit, Machtmissbrauch und die Frage nach individueller Freiheit behandelt. Die Schüler werden immer wieder mit moralischen Dilemmata konfrontiert, die ihre Loyalitäten und Überzeugungen auf die Probe stellen.

Ein zentrales Element der Geschichte ist das sogenannte "Pure Select"-Programm, ein geheimes Projekt der Akademie, das darauf abzielt, die genetische und intellektuelle Elite der Gesellschaft zu schaffen. Die Schüler werden unwissentlich in dieses Programm eingebunden und müssen sich mit den Konsequenzen auseinandersetzen, als sie die wahren Absichten hinter dem Programm entdecken.

Die Handlung ist geprägt von Spannung und politischen Intrigen, wobei die Charaktere ständig zwischen Kooperation und Konkurrenz schwanken. Die Beziehungen zwischen den Schülern sind komplex und entwickeln sich im Laufe der Geschichte weiter, während sie versuchen, ihre eigenen Ziele zu erreichen und gleichzeitig mit den Erwartungen der Gesellschaft umzugehen.