"Blue Gender" ist eine Manga-Serie, die in einer dystopischen Zukunft spielt, in der die Menschheit vom Aussterben bedroht ist. Die Geschichte beginnt mit dem Protagonisten Yuji Kaido, einem jungen Mann, der an einer mysteriösen Krankheit leidet und in einen künstlichen Schlaf versetzt wird, um auf eine zukünftige Heilung zu warten. Als Yuji Jahrzehnte später erwacht, findet er eine völlig veränderte Welt vor. Die Erde wurde von insektenartigen Kreaturen, den sogenannten "Blue", überrannt, die die menschliche Zivilisation nahezu ausgelöscht haben.

Die überlebenden Menschen haben sich in die Orbitstation "Second Earth" zurückgezogen, von der aus sie versuchen, die Blue zu bekämpfen und die Erde zurückzuerobern. Yuji wird von einer Gruppe Soldaten gerettet, die auf der Erde stationiert sind, um Überlebende zu finden und gegen die Blue zu kämpfen. Unter ihnen ist Marlene Angel, eine toughe und erfahrene Soldatin, die Yuji zunächst skeptisch gegenübersteht, da er aufgrund seines langen Schlafs keine Kampferfahrung besitzt.

Im Laufe der Geschichte entwickelt sich Yuji von einem naiven und verängstigten Mann zu einem entscheidenden Akteur im Kampf gegen die Blue. Es wird offenbart, dass Yujis Krankheit und seine genetische Beschaffenheit eine Schlüsselrolle im Konflikt spielen könnten. Die Blue sind nicht nur primitive Kreaturen, sondern besitzen eine komplexe soziale Struktur und scheinen von einer höheren Intelligenz gesteuert zu werden. Die Menschheit steht vor der Frage, ob die Blue eine Bedrohung darstellen oder ob sie Teil eines größeren ökologischen Gleichgewichts sind, das die Erde wiederherstellt.

Die Handlung erforscht Themen wie Überleben, Identität und die Beziehung zwischen Mensch und Natur. Yuji und Marlene müssen nicht nur gegen die Blue kämpfen, sondern auch mit den inneren Konflikten und moralischen Dilemmata umgehen, die der Krieg mit sich bringt. Die Serie kombiniert Action, Science-Fiction und psychologische Tiefe, während sie die Charaktere in einer Welt voller Gefahren und Ungewissheit entwickelt.