Die Manga-Serie "Danganronpa" basiert auf dem gleichnamigen Spiel und adaptiert dessen Handlung in eine visuelle Erzählform. Die Geschichte spielt in der Hope’s Peak Academy, einer Elite-Schule, die nur die talentiertesten Schüler aufnimmt. Diese werden als "Ultimate Students" bezeichnet, da sie in ihren jeweiligen Fachgebieten außergewöhnliche Fähigkeiten besitzen. Der Protagonist, Makoto Naegi, ist ein ganz normaler Schüler, der durch ein Losverfahren als "Ultimate Lucky Student" aufgenommen wird. Kurz nach seiner Ankunft verliert er das Bewusstsein und erwacht in einer abgeschlossenen Schule, die von einem mysteriösen Bären namens Monokuma kontrolliert wird.

Monokuma erklärt den Schülern, dass sie für den Rest ihres Lebens in der Schule gefangen sind. Der einzige Ausweg besteht darin, einen Mitschüler zu töten, ohne entdeckt zu werden. Nach jedem Mord findet ein Klassenprozess statt, bei dem die Schüler den Täter identifizieren müssen. Wird der Täter überführt, wird er hingerichtet. Bleibt der Täter unentdeckt, werden alle anderen Schüler getötet, und der Mörder darf die Schule verlassen. Diese grausame Regelung zwingt die Schüler, Misstrauen und Paranoia zu entwickeln, während sie gleichzeitig versuchen, das Geheimnis der Schule und Monokumas wahren Absichten zu lüften.

Im Laufe der Geschichte werden mehrere Morde aufgeklärt, wobei jeder Fall die Dynamik zwischen den Schülern verändert. Makoto Naegi übernimmt dabei oft die Rolle des Ermittlers, der versucht, die Wahrheit ans Licht zu bringen und seine Mitschüler zu schützen. Zu den weiteren wichtigen Charakteren gehören Kyoko Kirigiri, die "Ultimate Detective", die Makoto bei seinen Ermittlungen unterstützt, und Byakuya Togami, der arrogante "Ultimate Affluent Progeny", der oft eigene Interessen verfolgt. Auch die zwielichtige Toko Fukawa, die "Ultimate Writing Prodigy", und der optimistische Kiyotaka Ishimaru, der "Ultimate Moral Compass", spielen bedeutende Rollen.

Die Handlung ist geprägt von psychologischen Spannungen, moralischen Dilemmata und unerwarteten Wendungen. Die Schüler müssen nicht nur mit der Bedrohung durch Monokuma umgehen, sondern auch mit ihren eigenen Ängsten und dunklen Seiten. Die Schule selbst birgt zahlreiche Geheimnisse, die nach und nach enthüllt werden, darunter die wahren Gründe für ihre Abschottung und die Identität derjenigen, die hinter Monokuma stehen. Die Serie kombiniert Elemente des Mystery-Genres mit Thriller- und Horror-Aspekten, wodurch eine dichte und fesselnde Atmosphäre entsteht.