"Baptism" ist eine Manga-Serie, die in einer dystopischen Zukunft spielt, in der die Gesellschaft von einer strengen Hierarchie und religiösen Dogmen beherrscht wird. Die Handlung dreht sich um eine Gruppe von Jugendlichen, die in einer abgeschotteten Einrichtung namens "Das Heiligtum" leben. Diese Einrichtung dient dazu, junge Menschen auf eine mysteriöse Zeremonie vorzubereiten, die als "Taufe" bezeichnet wird. Die Taufe ist ein Ritual, das angeblich die Auserwählten von ihren Sünden reinigt und ihnen den Zugang zu einer höheren Existenzebene ermöglicht.

Die Protagonisten der Geschichte sind eine Gruppe von Jugendlichen, die sich in der Einrichtung kennenlernen und gemeinsam versuchen, die wahren Absichten hinter der Taufe zu ergründen. Unter ihnen ist der ruhige und nachdenkliche Kaito, der als Anführer der Gruppe fungiert, und die impulsive und mutige Aya, die stets bereit ist, für ihre Freunde einzustehen. Weitere wichtige Charaktere sind der intelligente und zurückhaltende Ren, der oft als Vermittler zwischen den Gruppenmitgliedern agiert, und die mysteriöse Sora, die scheinbar mehr über die Taufe weiß, als sie preisgibt.

Im Laufe der Geschichte enthüllt sich, dass die Taufe in Wirklichkeit ein Experiment ist, das darauf abzielt, die Jugendlichen zu kontrollieren und ihre Erinnerungen zu manipulieren. Die Einrichtung wird von einer undurchsichtigen Organisation geleitet, die behauptet, im Namen einer höheren Macht zu handeln, aber in Wahrheit ihre eigenen machtpolitischen Ziele verfolgt. Die Jugendlichen müssen sich nicht nur mit den physischen und psychischen Herausforderungen der Taufe auseinandersetzen, sondern auch mit den moralischen Dilemmata, die sich aus ihrer Situation ergeben.

Die Handlung entwickelt sich durch eine Reihe von Rückblenden und Enthüllungen, die die Vergangenheit der Charaktere und die wahren Absichten der Organisation nach und nach aufdecken. Die Jugendlichen müssen Entscheidungen treffen, die nicht nur ihr eigenes Schicksal, sondern auch das der gesamten Gesellschaft beeinflussen werden. Die Serie thematisiert dabei Fragen nach Identität, Freiheit und dem Preis, den man für die Wahrheit zu zahlen bereit ist.