"Aikatsu! Secret Story (Manga)" spielt in der Welt der Idole und konzentriert sich auf die junge Ichigo Hoshimiya, die sich für die renommierte Starlight Academy bewirbt, eine Schule, die darauf spezialisiert ist, zukünftige Idole auszubilden. Die Handlung beginnt mit Ichigos erster Begegnung mit der glamourösen Welt des Idol-Daseins, als sie zufällig ein Konzert der berühmten Idol-Gruppe "Mizuki" besucht. Inspiriert von deren Auftritt, beschließt sie, selbst ein Idol zu werden.

An der Starlight Academy trifft Ichigo auf eine Vielzahl von Charakteren, darunter ihre Mitbewohnerin Aoi Kiriya, eine zurückhaltende und talentierte Schülerin, und Ran Shibuki, eine selbstbewusste und ehrgeizige Idol-Anwärterin. Die drei bilden eine enge Freundschaft und unterstützen sich gegenseitig bei ihren Bemühungen, erfolgreiche Idole zu werden. Die Handlung folgt ihren Fortschritten, Herausforderungen und den Wettbewerben, an denen sie teilnehmen, um ihre Fähigkeiten zu verbessern und ihre Träume zu verwirklichen.

Ein zentrales Element der Geschichte ist das "Aikatsu System", ein Mechanismus, der es den Schülerinnen ermöglicht, durch den Einsatz spezieller Karten, sogenannter "Aikatsu-Karten", verschiedene Outfits und Accessoires für ihre Auftritte zu erhalten. Diese Outfits spielen eine entscheidende Rolle bei den Auftritten und Wettbewerben, da sie die Popularität und die Fähigkeiten der Idole beeinflussen.

Im Laufe der Serie werden die Charaktere mit verschiedenen Herausforderungen konfrontiert, darunter Rivalitäten mit anderen Schülerinnen, die Bewältigung von Nervosität vor großen Auftritten und die Suche nach ihrem eigenen einzigartigen Stil. Die Handlung betont die Bedeutung von harter Arbeit, Teamarbeit und Selbstvertrauen, während die Protagonistinnen lernen, ihre individuellen Stärken zu nutzen und ihre Schwächen zu überwinden.

Neben den Hauptfiguren gibt es eine Reihe von Nebencharakteren, darunter Lehrer, Mentoren und andere Schülerinnen, die die Welt der Starlight Academy bereichern und die Handlung vorantreiben. Die Serie kombiniert Elemente des Schullebens, des Wettbewerbs und der persönlichen Entwicklung, während sie die glamouröse und oft anspruchsvolle Welt des Idol-Daseins erkundet.