"Experi (Manga)" handelt von einer dystopischen Zukunft, in der die Menschheit von einer mysteriösen Krankheit bedroht wird, die als "Syndrom X" bekannt ist. Diese Krankheit führt dazu, dass Betroffene ihre Emotionen verlieren und schließlich in einen vegetativen Zustand verfallen. Die Regierung hat ein geheimes Forschungsprojekt namens "Experi" ins Leben gerufen, um eine Heilung zu finden. Im Zentrum der Handlung steht die junge Protagonistin Aya, die als Testperson für das Projekt rekrutiert wird. Aya besitzt eine seltene genetische Mutation, die sie immun gegen das Syndrom macht, und wird daher als Schlüssel zur Entwicklung eines Gegenmittels angesehen.

Im Verlauf der Geschichte wird Aya in eine Reihe von Experimenten verwickelt, die sowohl physische als auch psychische Grenzen überschreiten. Sie trifft auf andere Testpersonen, darunter den rätselhaften Kaito, der ebenfalls eine besondere Verbindung zum Syndrom aufweist. Kaito scheint übernatürliche Fähigkeiten zu besitzen, die ihn sowohl zu einem Verbündeten als auch zu einer potenziellen Bedrohung machen. Zusammen versuchen Aya und Kaito, die wahren Absichten des Projekts "Experi" aufzudecken, während sie gleichzeitig gegen die fortschreitende Ausbreitung des Syndroms kämpfen.

Die Handlung entwickelt sich durch eine Mischung aus wissenschaftlichen Untersuchungen, politischen Intrigen und persönlichen Konflikten. Es wird offenbart, dass das Syndrom X möglicherweise nicht natürlich entstanden ist, sondern das Ergebnis eines fehlgeschlagenen Experiments zur Kontrolle der menschlichen Emotionen darstellt. Die Charaktere müssen sich mit moralischen Dilemmata auseinandersetzen, insbesondere in Bezug auf die ethischen Grenzen der Wissenschaft und die Opfer, die für das vermeintliche Gemeinwohl gebracht werden.

Die Beziehung zwischen Aya und Kaito bildet einen emotionalen Kern der Geschichte, da beide versuchen, ihre eigene Menschlichkeit in einer Welt zu bewahren, die zunehmend von Kälte und Verzweiflung geprägt ist. Neben den Hauptfiguren gibt es eine Reihe von Nebencharakteren, darunter Wissenschaftler, Regierungsbeamte und andere Testpersonen, die jeweils ihre eigenen Motive und Geheimnisse haben. Die Handlung ist geprägt von unerwarteten Wendungen, die die Grenzen zwischen Gut und Böse verschwimmen lassen und die Frage aufwerfen, was es bedeutet, menschlich zu sein.