Saito Masato hat nur Augen für seine Kindheitsfreundin, was ihn zum einzigen Jungen in der Schule macht, der dem Charme der neuen Transferstudentin Tsukishiro Saya widersteht. Frustriert von seiner Gleichgültigkeit, findet sich Saya in einer unerwarteten Situation mit Masato wieder, die zu einem Sturz die Treppe hinunter führt. Als Masato wieder zu Bewusstsein kommt, stellt er fest, dass er in Sayas Körper erwacht ist. Die Wahrheit kommt bald ans Licht: Saya ist eigentlich ein Sukkubus, und die beiden stecken nun in den Körpern des anderen fest, bis sie herausfinden, wie sie zurücktauschen können.

Die Geschichte folgt Masato, während er das Leben in einem Mädchenkörper meistert, insbesondere in einem, der einem übernatürlichen Wesen gehört. Er erfährt schnell, dass Saya eine starke Anziehungskraft besitzt, die Jungen dazu bringt, eifrig ihre Befehle auszuführen. Während Masato das Vergnügen und die soziale Macht erlebt, die mit Sayas Form einhergehen, beginnt er zu hinterfragen, ob er wirklich in seinen eigenen Körper zurückkehren möchte. Die Erzählung erforscht seinen inneren Konflikt zwischen seinen nachwirkenden Gefühlen für seine Kindheitsfreundin und den berauschenden Vorteilen seiner neuen Situation.

Der Schauplatz ist hauptsächlich eine moderne japanische Oberschule, wo übernatürliche Elemente wie Sukkuben unbemerkt neben dem alltäglichen Schülerleben existieren. Kimiiro Days ist Teil einer größeren Tankōbon-Sammlung, die fünf zusätzliche Körperwechselgeschichten umfasst und das Konzept in verschiedene Fantasyszenarien erweitert. Dazu gehören Geschichten über Cosplayer, Schreinmädchen, Elfen und Orks sowie Krankenschwestern, die jeweils das Thema, wie Charaktere das Leben in einem anderen Körper erleben, einzigartig interpretieren.

Eine weitere Geschichte innerhalb der Sammlung, Possession Power, verlagert den Fokus auf eine Gruppe von Jungen, die ein Maid-Café für das Schulkulturfest planen. In der Unterzahl gegenüber einem Mädchen, sehen sich die Jungen dem Widerstand der Klassensprecherin gegenüber. Ein Schüler namens Komatsu entwickelt eine Lösung mit einem speziellen Getränk, das es ihm ermöglicht, seine Seele für eine begrenzte Zeit in den Körper einer anderen Person zu transferieren. Indem sie Mitschülerinnen und eine Lehrerin besetzen, versuchen die Jungen, mit weiblichem Charme die Stimme der Klassensprecherin zu ihren Gunsten zu beeinflussen.