Siebenhundert Jahre nachdem der Große Krieg die Hälfte der Menschheit dahingerafft hatte, wurden die mächtigen Gundams, die den Konflikt beendeten, zu Feinden des Friedens erklärt. In den zwanzig Jahren seit Kriegsende wurden diese gottgleichen Maschinen systematisch eingezogen und eingeschmolzen. Die als Newtypes bekannten, weiterentwickelten Menschen, die sie pilotierten, erlitten ein noch grausameres Schicksal: Sie wurden in die Raumkolonie Cocytus verbannt, die dann vergast wurde, wobei ihre zehn Millionen Einwohner getötet wurden, bevor sie aus der Erdumlaufbahn ausgestoßen wurde.

Der Erdregierung unbekannt überlebten einige Bewohner von Cocytus die Vergasung. Ihre Nachkommen bauten innerhalb der treibenden Kolonie eine neue Zivilisation auf und bildeten rivalisierende Stadtstaaten, darunter die Kaiserstadt Gun Dorado, die Wüstenstadt Mu Fasa und die Eisstadt Da Ria. Vor zwei Jahren wurde ein Notsignal von Cocytus empfangen und die Kolonie änderte ihren Kurs zurück in Richtung des Erdbereichs. Ein Untersuchungsteam aus Sträflingen wurde entsandt.

Die Geschichte folgt Shagi "Bloody" Kaoris, einer berüchtigten Attentäterin und einem Neos, einem übermenschlichen Wesen, das von Newtypes abstammt und über mächtige regenerative Fähigkeiten verfügt, die sie nahezu unsterblich machen. Nach ihrer Gefangennahme und Verurteilung zur öffentlichen Hinrichtung in Gun Dorado überlebt Kaoris die Flammen, tötet zwei Mitglieder der Königsfamilie und flieht. In der Wildnis trifft sie auf das Erduntersuchungsteam, lässt sie aber in Ruhe, da sie sie für Agenten eines rivalisierenden Stadtstaates hält.

Kaoris wird von einem Adligen aus Gun Dorado angeheuert, um Duran Lotus zu töten, einen ehemaligen Militäroffizier, der zum Attentäter wurde und möglicherweise ihr Vater ist. Beide sind Neos, und während sie eine Beziehung aufbauen, kehren Durans Erinnerungen zurück und er enthüllt die Wahrheit. Seine Frau Miranda war eine Adelige, die Kaoris mit einem anderen Neos zeugte, um einen mächtigeren Piloten zu züchten, der in der Lage ist, den Gundam Minerva zu aktivieren, den "Gott", der unter dem Palast verborgen ist. Wutentbrannt half Duran, den Palast niederzubrennen, was zu Mirandas Tod führte. Duran opfert sich, um Kaoris vor einem Auftragsmörder zu retten.

Die Erzählung weitet sich aus, als drei Neos-Piloten in Cocytus auftauchen. In Gun Dorado beansprucht Kaoris schließlich den Gundam Minerva, die Maschine, in deren Cockpit sie geboren wurde, während ihre Mutter bei lebendigem Leib verbrannte. In Da Ria pilotiert die Priesterin Lady Jane den Gundam Dis. In Mu Fasa pilotiert Prinzessin Marinan, die seit ihrem siebten Lebensjahr eingesperrt ist, nachdem sie versehentlich ihr eigenes Volk massakriert hatte, den Gundam Anubis und rächt sich an ihren Eltern, die sie verstoßen haben. Währenddessen plant Meister Parna gegen June, eine Nonne, die heimlich Eisbarriere-Fähigkeiten für Attentate einsetzt, bevor sie Buße tut.

Wichtige Handlungsstränge umfassen die erste Begegnung zwischen Kaoris und dem Erduntersuchungsteam, Durans tragisches Geständnis und Opfer, Marinans Erwachen und blutiges Wiedersehen mit ihrer Familie, das Zusammenkommen der Gundam-Piloten in Da Ria und Junes Konfrontation mit Meister Parnas Intrigen. Der Manga folgt Kaoris, während sie die Wahrheit über ihre Herkunft und die drei Gundams aufdeckt, während sie gleichzeitig Verrat unter den verfeindeten Stadtstaaten von Cocytus bewältigt und die drohende Rückkehr der Kolonie in den Erdbereich.