Sechzehn Jahre vor Beginn der Handlung stürzte ein riesiges außerirdisches Raumschiff auf die Erde, zerstörte Graviton City und hinterließ einen gewaltigen Krater. Die Stadt wurde seitdem zur fortschrittlichsten Metropole des Planeten wiederaufgebaut, direkt in den Ruinen des alten außerirdischen Schiffes errichtet. Die Geschichte folgt Eiko Magami, genannt A-Ko, einer rothaarigen Oberschülerin mit übermenschlicher Kraft und Geschwindigkeit, Fähigkeiten, die sie von ihren genetisch verbesserten Eltern geerbt hat. Trotz ihrer unglaublichen Kräfte möchte A-Ko einfach nur ein normales Teenagerleben führen, obwohl ihre tägliche Hauptsorge profaner ist: pünktlich aufzustehen und mit ihrer lebhaften, naiven besten Freundin Shiiko Kotobuki, oder C-Ko, zur Schule zu gehen.

Diese friedliche Routine wird von Biko Daitokuji, oder B-Ko, zerstört, der brillanten aber verwöhnten Tochter einer einflussreichen, wohlhabenden Lokalfamilie. B-Ko entwickelt eine obsessive Schwärmerei für C-Ko und wird eifersüchtig auf die enge Freundschaft zwischen A-Ko und ihr. Entschlossen, A-Ko zu vertreiben und C-Ko für sich zu gewinnen, startet B-Ko eine tägliche Angriffsserie gegen ihre rothaarige Rivalin. Mit ihrem genialen Intellekt baut sie eine eskalierende Reihe mächtiger Mechaanzüge, vor allem den Akagiyama 23, und führt ihr Team aus weiblichen Anhängerinnen jeden Morgen direkt am Schultor in Kämpfe gegen A-Ko. Was als persönliche Rivalität um eine Freundschaft beginnt, eskaliert schnell zu spektakulären, die Stadt erschütternden Konfrontationen, die gängige Anime- und Mechaklischees parodieren.

Der Konflikt nimmt eine dramatische Wendung, als ein neues außerirdisches Raumschiff in die Umlaufbahn über Graviton City eintrifft. Ein mysteriöser, in einen Trenchcoat gekleideter Agent, nur bekannt als D, überwacht A-Ko und C-Ko und berichtet an den Kapitän des Schiffes, die alkoholkranke Napolipolita. Die Außerirdischen aus dem Lepton-Königreich von Alpha Cygni sind zu dem Schluss gekommen, dass ihre lange vermisste Prinzessin sich auf der Erde versteckt. Mitten im jüngsten zerstörerischen Kampf zwischen A-Ko und B-Ko starten die Außerirdischen einen Großangriff auf die Stadt, überwältigen mühelos das Militär und entführen erfolgreich C-Ko, wobei sich herausstellt, dass sie die gesuchte, verlorene Prinzessin ist.

Als sie die Entführung ihrer Freundin miterleben, schließen die erbitterten Rivalinnen A-Ko und B-Ko einen vorübergehenden Waffenstillstand. Sie dringen in das außerirdische Mutterschiff ein, wobei A-Ko den Kapitän und Agent D konfrontiert, während B-Ko daran arbeitet, C-Ko zu befreien. Der Waffenstillstand ist jedoch brüchig; sobald C-Ko gerettet ist, wendet sich B-Ko sofort wieder gegen A-Ko, eröffnet das Feuer auf der Brücke des Schiffes und zerstört dessen Navigationssysteme. Das beschädigte Schiff stürzt zurück zur Erde und kommt wackelig auf dem Militärkommandoturm zum Stillstand, der selbst das vergrabene Überbleibsel des ursprünglichen Raumschiffes von vor sechzehn Jahren ist. Am nächsten Morgen gehen die immer noch angeschlagene A-Ko und die ahnungslose C-Ko in ihren neuen Uniformen zur Schule, kommen an einem zerzausten D und Kapitän Napolipolita vorbei, die um Kleingeld für die Reparatur ihres zerstörten Schiffes betteln, während eine lächelnde B-Ko am Horizont wartet, bereit, den Kampf von Neuem zu beginnen.