In der futuristischen Metropole Graviton City, die im Krater eines abgestürzten uralten außerirdischen Raumschiffs erbaut wurde, besitzt eine rothaarige Oberschülerin namens A-ko Magami übermenschliche Kraft und Geschwindigkeit, obwohl sie sich ansonsten für normal hält und sich hauptsächlich darum sorgt, zu spät zum Unterricht zu kommen. Sie führt ein unbeschwertes Leben mit ihrer quirligen, kindlichen besten Freundin C-ko Kotobuki, deren ständiges Bedürfnis nach Schutz und ihre Neigung, Ärger anzuziehen, den Mittelpunkt von A-kos Alltag bilden. Ihre friedliche Schuexistenz wird auf den Kopf gestellt, als die wohlhabende und brillante B-ko Daitokuji an ihre Schule wechselt. B-ko entwickelt schnell eine obsessive Schwärmerei für die unschuldige C-ko und sieht A-ko als das einzige Hindernis, um die Zuneigung des blonden Mädchens zu gewinnen.

Es folgt ein eskalierender Krieg zwischen A-ko und B-ko, der sich jeden Morgen auf dem Weg zur Graviton High School abspielt. Unter Nutzung der riesigen Ressourcen ihrer Familie und ihres eigenen genialen Talents für Maschinenbau konstruiert B-ko immer massivere und absurdere Mecha, um ihre Rivalin zu vernichten, nur um zu sehen, wie jeder einzelne von A-kos roher Kraft mühelos zerstört wird. Ihre Rivalität, die laut B-ko auf einen erbitterten Wettstreit im Kindergarten zurückgeht, gipfelt darin, dass B-ko ihren knappen aber mächtigen Akagiyama-23 Kampfanzug anlegt, um es zu einer direkten Konfrontation kommen zu lassen, die einen Großteil der Schule und einen erheblichen Teil der Stadt zerstört. Mitten in diesem chaotischen Kampf trifft ein gigantisches außerirdisches Raumschiff aus dem Lepton-Königreich von Alpha Cygni ein, das ihre lange vermisste Prinzessin zur Erde verfolgt hat. Die Außerirdischen, angeführt vom trenchcoattragenden Agenten D und der alkoholkranken Kapitänin Napolipolita, identifizieren C-ko als ihre vermisste Royals und versuchen, sie zu entführen.

Der Konflikt eskaliert, als A-ko und B-ko, zu einem brüchigen Waffenstillstand gezwungen, das außerirdische Schiff stürmen, um C-ko zu retten. A-ko kämpft sich durch D und die Kapitänin, während B-ko ihre Freundin befreit, obwohl B-ko das Bündnis sofort verrät und A-ko angreift, sobald C-ko in Sicherheit ist, wobei sie versehentlich die Navigationssysteme des Schiffs zerstört. Das manövrierunfähige Raumschiff stürzt ab und kommt genau auf dem außerirdischen Wrack zum Liegen, auf dem Graviton City erbaut wurde. In der Folge kehren A-ko und C-ko zu ihrer täglichen Routine zurück und gehen zur Schule, vorbei an den nun gestrandeten Außerirdischen, die um Spenden für die Reparatur ihres Schiffs betteln, während B-ko aus der Ferne zusieht und bereits ihren nächsten Angriff plant.

Die Manga-Erzählung erstreckt sich über diese erste Konfrontation hinaus in mehrere eigenständige Handlungsbögen. Project A-ko 2: Plot of the Daitokuji Financial Group verlagert den Fokus auf B-kos Vater, den Billionen-schweren Industriellen Hikaru Daitokuji, der das Militär manipuliert, das gestrandete außerirdische Schiff anzugreifen, um dessen Technologie an sich zu reißen, was die Mädchen zum Eingreifen zwingt. Project A-ko 3: Cinderella Rhapsody nimmt eine romantischere Wendung, als A-ko einen Nebenjob annimmt, um sich neue Kleidung leisten zu können, und Kei trifft, einen gutaussehenden Biker, was einen Dreieckswettstreit um seine Aufmerksamkeit zwischen A-ko, B-ko und der überraschend zentralen C-ko auslöst. Project A-ko 4: Final bringt die Serie zum Abschluss, als eine weitere außerirdische Flotte eintrifft, um ihre Prinzessin abzuholen, während Herr Daitokuji eine Heirat zwischen Kei und ihrer Lehrerin Miss Ayumi arrangiert, was dazu führt, dass A-ko und B-ko ein letztes Mal um einen Jungen kämpfen, während C-ko, die sich vernachlässigt fühlt, erwägt, mit ihrem Volk die Erde zu verlassen. Eine zusätzliche zweiteilige Alternate-Universe-Geschichte, A-ko the VS: Grey Side and Blue Side, stellt die Charaktere in einer separaten Kontinuität als raumfahrende Kopfgeldjäger neu dar und deutet an, dass die Rivalität zwischen A-ko und B-ko eine Konstante in allen Realitäten ist. In all diesen Bögen fungiert der Manga als eine dichte Parodie auf die Konventionen von Anime und Manga der 1970er und 1980er Jahre, mit Hintergrundgags, die auf alles von Fist of the North Star bis zu Superman und Wonder Woman anspielen, wobei letztere implizit als A-kos geheime Eltern dargestellt werden. Der Titel selbst ist eine Anspielung auf den Jackie-Chan-Film Project A.