Im Jahr 1954 zieht eine Reihe mysteriöser Schiffsuntergänge im Pazifik eine kleine Gruppe von Menschen nach Odo Island. Unter ihnen sind Shinkichi Morita, dessen Bruder auf See verschollen ist, Emiko Yamane und ihr Vater, Professor Kyōhei Yamane, ein renommierter Paläontologe. Die älteren Bewohner der Insel sprechen von einer legendären Seedrache namens Godzilla, einem Mythos, der sich schrecklich real entpuppt, als die Kreatur aus den Tiefen auftaucht. Es stellt sich heraus, dass es sich um ein prähistorisches Reptil handelt, eine Zwischenform zwischen marinen und terrestrischen Reptilien, das durch amerikanische Wasserstoffbombentests im Pazifik mutiert und geweckt wurde. Die Kreatur ist nahezu unzerstörbar, besitzt eine unglaubliche Widerstandsfähigkeit, einen radioaktiven Atem, der als Strahl weißglühenden Feuers beschrieben wird, und eine scheinbare Unsterblichkeit, die daraus resultiert, dass sie über zwei Millionen Jahre am Meeresgrund überlebt hat.

Die Erzählung folgt drei zentralen Charakteren, die auf diese Katastrophe reagieren. Shinkichi, ein junger Mann aus der Nachkriegsgeneration, wird von dem Wunsch nach Rache an dem Ungeheuer getrieben, das seine Familie zerstört hat. Professor Yamane hingegen ist von Godzilla fasziniert. Er argumentiert, dass die Kreatur studiert, nicht zerstört werden sollte, in dem Glauben, dass die Entschlüsselung der Geheimnisse ihrer zellulären Regeneration ein wissenschaftliches Wunder sein könnte, das es Japan ermöglichen würde, seine Kriegsverbrechen zu sühnen, indem es diese Entdeckung mit der Welt teilt. Emiko ist zwischen diesen beiden Perspektiven gefangen und auch durch ein heimliches Verlöbnis mit einem grüblerischen und entstellten Chemiker, Doktor Daisuke Serizawa, gebunden. Als Godzilla in Tokio an Land geht und im Stadtzentrum unvorstellbare Zerstörung anrichtet, sucht die Regierung verzweifelt nach einer Lösung. In ihrer Verzweiflung enthüllt Emiko Serizawas Geheimnis vor Shinkichi: den Sauerstoffzerstörer, eine schreckliche neue Waffe, die Sauerstoffmoleküle abbaut, alles Leben in einem bestimmten Gebiet vernichtet und sogar Godzillas zähe Haut zu einem Skelett reduziert. Serizawa, gequält von der Möglichkeit, dass seine Erfindung als neue Superwaffe eingesetzt werden könnte, stimmt zu, sie ein letztes Mal zu verwenden. Er aktiviert das Gerät und tötet Godzilla in der Tokioter Bucht. Anschließend durchtrennt Serizawa seine eigene Lebensleitung und begeht Selbstmord, um sicherzustellen, dass das Geheimnis des Sauerstoffzerstörers mit ihm stirbt.

Ein Jahr später steht die Welt in Godzilla Raids Again vor einer zweiten Krise. Die Fischerpiloten Kōji Kobayashi und Shōichi Tsukioka fliegen über das Meer, als sie einen schrecklichen Kampf zwischen zwei kolossalen Monstern bezeugen: einem zweiten Godzilla und einer stacheligen, vierbeinigen Kreatur, die von Professor Yamane als Anguirus identifiziert wird, einem uralten, ankylosaurusähnlichen Rivalen. Die beiden Kaiju liefern sich einen wütenden Kampf und zerstören einen Großteil von Osaka, bevor Godzilla Anguirus tötet. Professor Yamane gibt eine düstere Warnung ab: Ohne den Sauerstoffzerstörer kann die Menschheit nichts tun, um diesen zweiten Godzilla aufzuhalten. Die Geschichte verlagert ihren Fokus auf die Piloten und Hidemi, die Tochter ihres Firmenpräsidenten, während sie versuchen, die Kreatur aufzuspüren. Das Militär versucht konventionelle Angriffe, doch Godzilla erweist sich als unempfindlich gegenüber ihrer Feuerkraft. Der Erzählbogen endet mit einem verzweifelten Plan. Tsukioka und Kobayashi nutzen ihre Flugzeuge, um Godzilla zu einer abgelegenen nördlichen Insel zu locken. In einem letzten Wagnis lösen sie massive Explosionen aus, die eine Lawine aus Eis und Gestein verursachen und Godzilla in einem gefrorenen Grab begraben. Der Roman endet mit einer ambivalenten, düsteren Note, die nahelegt, dass, obwohl die unmittelbare Bedrohung vorüber ist, Godzilla möglicherweise nicht tot, sondern nur unter dem Eis schlafend ist – eine anhaltende und schreckliche Naturgewalt.