Eine Woche nach dem Ende der zweiten Tenchi Muyo! Ryo-Ohki-OVA-Serie, während Kaiser Azusa seinen täglichen Besuchen im Masaki-Haushalt auf der Erde nachgeht, greift die True Tenchi Muyo! Light-Novel-Trilogie über Jahrhunderte und Jahrtausende zurück, um die verborgene Geschichte des Tenchi Muyo!-Universums zu erkunden. Jeder Band nutzt eine kurne Rahmenerzählung in der Gegenwart, bevor er in die ferne Vergangenheit einer Hauptfigur eintaucht und die Ereignisse enthüllt, die das Jurai-Imperium prägten und direkt zu der Situation führten, in der Tenchi sich befindet.

Der erste Band, Jurai, konzentriert sich auf Azusa, den aktuellen Kaiser von Jurai und Vater von Ayeka und Sasami. Lange bevor er die Krone trug, lebte der junge Azusa mit seinen Eltern auf einer Koloniewelt, bis ein Piratenangriff alles veränderte. Entdeckt von der beeindruckenden Lady Seto Kamiki, wurde Azusa auf den Planeten Jurai gebracht und in die komplexe und oft gefährliche Welt der imperialen Politik gestoßen. Der Roman folgt seinen Kämpfen, sich der Königlichen Bäume würdig zu erweisen, seinem Aufstieg durch die Ränge des juraianischen Adels und seiner schicksalhaften Reise zur Erde während Japans feudaler Ära. Dort trifft er auf eine junge Frau namens Funaho und rettet sie vor Banditen, was die Ereigniskette in Gang setzt, die dazu führt, dass sie seine erste Frau und die Mutter von Yosho wird. Die Geschichte zeigt auch sein schließliches Treffen mit Misaki, der Mutter von Ayeka und Sasami, und seinen Aufstieg zum Thron.

Der zweite Band, Yosho, wendet sich der geheimnisvollen Vergangenheit von Tenchis Großvater zu, der auf der Erde als Katsuhito Masaki bekannt ist. Als Sohn von Azusa und der erdgeborenen Funaho geboren, sah sich Yosho aufgrund seiner gemischten Abstammung Vorurteilen im juraianischen Adel ausgesetzt. Auf der Flucht vor seinen komplizierten Gefühlen für seine Stiefmutter Misaki schreibt sich der zwölfjährige Prinz an der renommierten Galaxy Academy ein, einer riesigen Institution von der Größe eines Sonnensystems. Dort wird ihm eine Schülerbetreuerin namens Airi Magma zugewiesen, die Tochter eines mächtigen religiösen Führers vom Planeten Airai. Während Yosho die angespannten politischen und religiösen Konflikte zwischen Jurai und Airai bewältigt, wächst er Airi näher und kreuzt auch den Weg der brillanten, aber problembelasteten Wissenschaftlerin Washu und des finsteren Kagato. Der Roman gipfelt darin, dass Yosho dem Weltraumpiraten Ryoko durch die Galaxie folgt, was in ihrem Kampf über der Erde endet. Da er nicht nach Hause zurückkehren kann und beschließt, Ryokos versiegelte Form zu bewachen, bleibt Yosho auf der Erde, wo er schließlich die Masaki-Familienlinie gründet.

Der dritte Band, Washu, enthüllt die Ursprünge der selbsternannten größten wissenschaftlichen Genies des Universums. Über zwanzigtausend Jahre vor Tenchis Geburt lebte Washu als Göttin und war eine der drei Choushin, der Schöpfergottheiten des Tenchi Muyo!-Multiversums. Der Roman erkundet ihre Zeit an der Imperial Science Academy, nachdem sie sich entschied, ihren göttlichen Status aufzugeben und als Sterbliche zu leben. Er konzentriert sich auf ihre tiefe Freundschaft mit einer Studentin namens Naja Akara und ihre turbulente Beziehung zu Mikamo Kuramitsu, einem Mann, der ihr Ehemann und der Vater ihres Kindes werden sollte. Die Erzählung schildert die Umstände, die zu Washus Gefangenschaft durch Kagato führten, und enthüllt vor allem die wahren Ursprünge der Kreationen, die ihr Vermächtnis definieren sollten: den Weltraumpiraten Ryoko und das Cabbit Ryo-Ohki, und zeigt, wie sie sowohl aus ihrem wissenschaftlichen Genie als auch aus ihren persönlichen Tragödien geboren wurden.