Der zentrale Konflikt in High School Aura Buster ist ein alter, verborgener Krieg zwischen zwei übernatürlichen Fraktionen. Die „Sora no Mono“ („Die des Himmels“) sind göttliche Inkarnationen mit immenser Macht, aber kurzer Lebensspanne, während die „Yō no Mono“ („Die des Yō“) dämonische, geisterähnliche Wesen sind, die Menschen besitzen müssen, um zu überleben. Zwischen diesen beiden Mächten stehen die „Jutsusha“ (Praktizierende), Menschen, die aus den Blutlinien der Himmelsfraktion stammen und geringere, aber bedeutende Fähigkeiten besitzen, wie die Manipulation von Energie (der „Dō“-Typ) oder das Errichten von Barrieren und Heilen (der „Sei“-Typ).

Die Geschichte spielt in einer japanischen Highschool-Umgebung der späten 1980er Jahre und konzentriert sich auf den Protagonisten Ryosuke Sakiya, einen ruhigen und unentschlossenen Schüler und Mitglied des Kunstclubs. Ryosuke ist eine Anomalie, bekannt als „Aura Buster“, der einzige bekannte Neutralisierer, der unfreiwillig sowohl dämonische als auch Praktizierendenkräfte aufheben kann. Sein Leben ändert sich mit der Ankunft eines neuen Schülers, Ryo Mizusawa, einem impulsiven, feuerbeherrschenden Praktizierenden, der sich selbst entschlossen zu Ryosukes Freund erklärt. Ryo ist im Auftrag seines Clanführers auf der Jagd nach den Yō no Mono, und seine Anwesenheit zieht Ryosuke schnell in die übernatürliche Welt hinein. Nachdem Ryosuke von einem gespenstischen gepanzerten Krieger angegriffen wird, wird er von anderen jungen Praktizierenden gerettet: Kisara Izumi, einer versierten Kämpferin, und Jukuro Satomi, einem Barrierenspezialisten.

Die Erzählung folgt Ryosuke, während er lernt, seine verheerende Neutralisationsfähigkeit zu kontrollieren, die für seine Verbündeten genauso gefährlich ist wie für seine Feinde. Die Hauptbesetzung wird erweitert durch Saeko Nanase, eine Heilerin mit einer komplexen Beziehung zu Ryos Clanführer, und Ai Kambara, Ryosukes verständnisvolle Freundin, die keine Kräfte besitzt, aber die Wahrheit kennt. Die zentralen Handlungsbögen umfassen ihre Kämpfe gegen die drei „Kishō“ (Dämonengeneräle) der Yō no Mono, die ihren Meister, die verräterische ehemalige Himmelskönigin Kunaki, wiederbeleben wollen. Ihnen gegenüber steht der wiedergeborene Himmelskönig, Garā-Ō, der nun als rätselhaftes Model und Clanführer Shinobu Saiga lebt. Die Serie gipfelt in einem wiederauflebenden 900 Jahre alten Konflikt zwischen Garā-Ō und Kunaki, der die jungen Highschool-Praktizierenden zwingt, einen Krieg zu führen, der mehrere Bände umspannt und zu einer entscheidenden Endschlacht führt.

Ursprünglich von 1989 bis 2004 von Mio Wakaki als langlaufende Light-Novel-Serie veröffentlicht, wurde die Hauptgeschichte unter dem Titel High School Aura Buster Refined von 2011 bis 2021 wiederaufgenommen und abgeschlossen.