Sōhei Saikawa, ein außerordentlicher Professor für Bauingenieurwesen, und Moe Nishinosono, die brillante Tochter seines Mentors, reisen zu einem abgelegenen Eiland für ein Universitätsseminar. Die Insel beherbergt das Magata-Forschungsinstitut, eine abgeschiedene Einrichtung, in der die zurückgezogen lebende geniale Programmiererin Shiki Magata seit fünfzehn Jahren in Isolation lebt. Magata wurde beschuldigt, mit vierzehn Jahren ihre Eltern ermordet zu haben, wurde jedoch aufgrund ihres psychischen Zustands für unschuldig befunden und lebt seitdem abgeschieden, mit der Außenwelt nur durch gelegentliche Videokonferenzen kommunizierend. Saikawa, der seit langem von Magatas Intellekt fasziniert ist, und Moe, eine Krimi-Enthusiastin mit scharfer Beobachtungsgabe, möchten sie treffen, doch ihr Besuch fällt mit einem grausamen und scheinbar unmöglichen Verbrechen zusammen.

Die Erzählung konzentriert sich auf ein klassisches Krimi-Rätsel eines verschlossenen Raums. Die Leiche von Shiki Magata wird in ihren streng gesicherten Privaträumen entdeckt, einem Raum ohne konventionellen Eingang oder Ausgang. Der Leichnam befindet sich in einem verstörenden Zustand, sitzend in einem Hochzeitskleid mit abgetrennten Gliedmaßen, auf einem fahrbaren Wagen platziert. Fast unmittelbar nach dieser Entdeckung wird auch Seiji Shindō, der Direktor des Instituts und Magatas Onkel, ermordet aufgefunden. Das Haupträtsel ist, wie ein Mörder in Magatas versiegelten Raum gelangen und entkommen konnte, was Saikawa und Moe in eine komplexe Untersuchung führt, die die Grenzen von Logik und Wahrnehmung herausfordert.

Während Saikawa und Moe tiefer graben, entwickelt sich die Geschichte über eine einfache Mordermittlung hinaus in die dunkle und verdrehte Psychologie von Shiki Magata. Rückblenden enthüllen ihre traumatische Vergangenheit, einschließlich einer missbräuchlichen Beziehung zu ihrem Onkel, und erkunden ihre einzigartig amoralische und distanzierte Weltanschauung. Die Ermittlungen decken Schichten der Täuschung auf und führen zu einer bedeutenden Enthüllung: Die ermordete Frau ist nicht Shiki Magata, sondern ihre geheime Tochter, Miki. Magata hatte Jahre im Voraus einen ausgeklügelten Plan ausgearbeitet, um die Identitäten mit ihrer Tochter zu tauschen, wodurch sie sich effektiv ein neues Leben verschaffte, während sie die jüngere Frau gefangen hielt. Die Nachricht „Everything Becomes F“ ist ein rätselhafter Hinweis, der mit einem Programmierfehler verbunden ist und den Moment darstellt, in dem ein System seine Grenze erreicht und sich zurücksetzt.

Die Erzählung folgt dem intellektuellen Duell zwischen Saikawa und der abwesenden Magata, deren Einfluss jede Ecke des Instituts durchdringt. Der Höhepunkt enthüllt, dass Magata ihren Onkel selbst ermordete, um die letzten Verbindungen zu ihrer Vergangenheit zu kappen, während der ursprüngliche Identitätstausch eine kalte, berechnete Handlung war, um eine Form absoluter Freiheit von ihrer eigenen Geschichte zu erreichen. Die Geschichte endet damit, dass Saikawa und Moe der Wahrheit gegenüberstehen, nachdem sie eine Verschwörung aufgedeckt haben, die die Natur von Identität, Genie und Moral in Frage stellt. Die Auflösung lässt die beiden Protagonisten über die rätselhafte Figur der Shiki Magata reflektieren, einer Mörderin, die Mord nicht als Verbrechen, sondern als logischen Schritt zur persönlichen Befreiung betrachtet.