Tobi Otogiri ist ein stiller Schüler im zweiten Jahr der Mittelschule, der für sich bleibt und seine Tage mit geheimen Gesprächen mit einem abgenutzten Rucksack namens Baku verbringt. Der Rucksack ist kein gewöhnliches Accessoire; er wurde von einem seltsamen Einäugigen Mann zurückgelassen, an dem Tag, als Tobi von seinem älteren Bruder getrennt wurde, und ist seitdem sein einziger Begleiter. Seine ungewöhnliche Routine wird gestört, als eine Mitschülerin, Ryuko Shiratama, ihn plötzlich anspricht und sagt: „Du sprichst viel mit diesem Rucksack, nicht wahr, Tobi-kun.“ Zu seinem Erstaunen kann Ryuko nicht nur Bakus Stimme hören, sondern auch die bizarren, nicht-menschlichen Wesen sehen, die Tobi schon so lange wahrnehmen kann, wie er sich erinnern kann.

Während die beiden ein unbehagliches Bündnis über ihr gemeinsames Geheimnis schließen, beginnen seltsame Unfälle ihre Schule zu plagen. Sie entdecken bald, dass diese Vorfälle das Werk dieser unsichtbaren Kreaturen sind, die mehr als nur Halluzinationen sind. Es sind Zingai, Wesen, die im verschwommenen Raum zwischen Mensch und Nicht-Mensch existieren, und die Konfrontation mit ihnen zwingt Tobi, sich mit einer Realität auseinanderzusetzen, die er zu ignorieren versucht hat. Die Geschichte folgt Tobi, wie er aus seiner isolierten Hülle herausgerissen und in ein Abenteuer gezogen wird, in dem die Grenze zwischen dem Gewöhnlichen und dem Außergewöhnlichen zusammenbricht, wobei ein zentrales Thema das Leben ist, das Leben frisst.

Nachdem sich die ersten Vorfälle mit den Zingai zu beruhigen scheinen, kommt eine draufgängerische Transferstudentin an Tobis Schule. Sie scheint bereits über Tobi, Ryuko und einen weiteren Mitschüler namens Haizaki Bescheid zu wissen, und ihre Ankunft deutet auf eine größere, verborgene Agenda hin. Gleichzeitig wartet eine mysteriöse Figur, die nur als S bekannt ist, im Krankenzimmer auf einen Charakter namens Shizukudani, was darauf hindeutet, dass die seltsamen Ereignisse noch lange nicht vorbei sind und dass Kräfte hinter den Kulissen beginnen, sich zu bewegen.