Shigofumi sind Briefe von Verstorbenen, geschrieben von kürzlich Dahingeschiedenen, die die Erlaubnis haben, eine letzte Nachricht an die Lebenden zu senden. Diese Briefe können alles enthalten, was die Verstorbenen im Leben nicht sagen konnten, von Liebesgeständnissen über letzte Abschiede bis hin zur Identität ihres Mörders. Die Zustellung dieser potenziell verheerenden Botschaften obliegt speziellen Postboten, die in einer Sphäre namens Shigo leben, wenn sie nicht arbeiten.

Die Geschichte folgt Fumika, einem ruhigen und unheimlich gefassten jungen Mädchen, das als eine dieser Botinnen dient. Begleitet von ihrem sprechenden Stab, einer lauten und überschwänglichen Persönlichkeit namens Kanaka, liefert sie Shigofumi an Empfänger in einer japanischen Stadt ab. Im Gegensatz zu anderen Boten, die bereits verstorben sind und nicht altern, wird Fumika weiterhin älter, ein Rätsel, das auf ihre ungewöhnlichen Umstände hindeutet. Ihre gelassene Art verbirgt ein tiefsitzendes Trauma; sie leidet an dissoziativer Identitätsstörung als Folge jahrelangen Missbrauchs durch ihren Vater, Kirameki Mikawa, einen berühmten Schriftsteller, der von Schönheit besessen ist. Eine ihrer Persönlichkeiten, Mika, ist die stoische Postbotin, während die andere, Fumi, ein freundliches und sanftes Mädchen ist, das nachdem Mika ihren Vater in Notwehr erschoss, in einen komatösen Zustand verfiel.

Die Erzählung folgt weitgehend einer episodischen Struktur, während Fumika und Kanaka Shigofumi an verschiedene Empfänger ausliefern. Jede Zustellung zwingt sowohl Absender als auch Empfänger, verborgene Wahrheiten zu konfrontieren, was oft zu dramatischen und tragischen Konsequenzen führt. Eine frühe Handlungslinie betrifft einen Oberschüler namens Shota Machiya, einen Enthusiasten für Modellraketen, und seine Freundin Asuna. Fumika überbringt Asuna ein Shigofumi von ihrem verstorbenen Vater, ein Brief, der schockierende Enthüllungen über seinen Tod und seine wahren Gefühle enthält. Eine weitere bedeutende Figur ist Kaname Nojima, ein Junge, der Fumika aus ihren Tagen in der Mittelschule wiedererkennt. Er erinnert sich an den Vorfall vor drei Jahren, als sie ihren Vater erschoss, und ist entschlossen, die Wahrheit über ihre Vergangenheit aufzudecken, eine Suche, die ein zentrales Rätsel der Serie bildet.

Im Verlauf der Light Novel wird Fumikas eigene Geschichte zunehmend mit ihren Zustellungen verwoben. Die Grenze zwischen ihrer Pflicht als Botin und ihrem ungelösten persönlichen Trauma verschwimmt, was sie zwingt, die fragmentierten Teile ihrer Identität und das Schicksal ihrer alternativen Persönlichkeit, Fumi, zu konfrontieren. Die vier Bände sammeln diese Geschichten und erkunden Themen wie Tod, Reue, Kommunikation und den schmerzhaften, aber notwendigen Akt, sich der von Verstorbenen hinterlassenen Wahrheit zu stellen. Die Geschichte in den Light Novels teilt die gleiche Prämisse wie die Anime-Adaption, weist jedoch bemerkenswerte Unterschiede auf, wie etwa Fumikas Phobie vor Insekten anstelle von Katzen, ihr sprechender Stab ist ein junger Junge namens Mayama mit einer anderen Persönlichkeit und ihre Vorliebe für das Spielen von Shogi.