Eine mysteriöse Organisation zeigt Interesse an der einzigartigen Fähigkeit des jungen und leidenschaftlichen Duellanten Shobu Kirifuda, der die Kreaturen des Duel-Masters-Kartenspiels während seiner Kämpfe zum Leben erwecken kann. Die Geschichte spielt in einer Welt, in der das Spiel ein tief verwurzeltes kulturelles Phänomen ist, und Shobu strebt danach, in die Fußstapfen seines legendären, verschollenen Vaters Shori Kirifuda zu treten, um der nächste Kaijudo-Meister zu werden. Das Kartenspiel selbst basiert auf fünf verschiedenen Zivilisationen: Licht, Wasser, Dunkelheit, Feuer und Natur.

Getrieben von seiner Liebe zum Duellieren und seinem Wunsch, seinen Vater wiederzufinden, reist Shobu zum Tempel, um den korrumpierten Champion Hakuoh herauszufordern. Nachdem er Hakuoh besiegt und die Kontrolle des finsteren Masters gebrochen hat, setzt Shobu seine Suche fort, ein wahrer Kaijudo-Duellant zu werden. Er konfrontiert die böse Organisation P.L.O.O.P., die versucht, die Kreaturenzivilisationen zu nutzen, um die Welt zu übernehmen. Nach diesen Ereignissen taucht eine noch gefährlichere Bedrohung in Form von Zakira und seinen Fua-Duellanten auf, die nach mächtigen Erweckungskarten suchen. Zakira gelingt es, Hakuoh zu einer neuen Persönlichkeit namens White umzuprogrammieren, und in einem verheerenden Duell verliert Shobu seine Erweckungskarten, seinen Freund Hakuoh und seinen Mentor Yakanman.

Entschlossen, nicht aufzugeben, reist Shobu nach Duel Island, um stärker zu werden. Die Handlung wird in Duel Masters: Fighting Edge fortgesetzt, wo Shobu nach Spanien und Ägypten reist, um mächtiger zu werden und die Geschichte der sieben Duel Masters aufzudecken. Er wird mit seinem vermeintlich verstorbenen Vater wiedervereint und muss Zakira und seine Elite-Anhänger, die After-R, davon abhalten, die stärksten Duellanten der Welt zu jagen. Dieser Handlungsbogen zwingt Shobu, sich einem alten Freund, der zum Feind geworden ist, zu stellen: der umprogrammierten Alter-Ego-Persönlichkeit von Hakuoh, nun bekannt als White. Die kanonische Zeitleiste von Shobus Geschichte endet in Duel Masters: Star Cross.

Nach dem Abschluss von Shobus Geschichte verlagert sich der Erzählfokus auf seinen jüngeren Bruder, Katta Kirifuda, in der Duel Masters Victory-Serie. Katta wird später in der Duel Masters Versus-Serie zu einem älteren Protagonisten. Das Vermächtnis wird mit der nächsten Generation fortgesetzt, als Kattas Sohn, Joe Kirifuda, zum Helden in den Serien Duel Masters! und Duel Masters King wird. Der Manga folgt weiterhin der Kirifuda-Blutlinie mit der aktuellen Serie Duel Masters Win, die einen neuen Protagonisten namens Win Kirifuda vorstellt.