Seit der finalen Schlacht gegen die Eliteeinheiten von GARDE genießen Shobu Kirifuda und seine Freunde ein friedliches Alltagsleben, das von unterhaltsamen Duellen geprägt ist. Diese Ruhe wird während einer Expedition in die Antarktis jäh zerstört, als sich herausstellt, dass Xanadu, einer von Zakiras Elitewachen, ein Hochstapler ist. Xanadu greift die verbliebenen Mitglieder von GARDE an, tötet sie, entführt Zakira und lässt nur einen Duellanten namens Ash entkommen. Ash sucht verzweifelt Shobu auf, um ihn um Hilfe zu bitten. Während Shobu und seine Freunde zum gefrorenen Kontinent reisen, um Zakira zu retten, beginnt sich eine tiefere Wahrheit zu enthüllen. Der allererste Duellant der Welt, ein Wesen namens Adam, erwacht endlich aus seinem langen Schlaf.

Die Geschichte von Star Cross bildet das abschließende Kapitel von Shobus Abenteuer. Der zentrale Konflikt dreht sich darum, Adam aufzuhalten, der die vollständige Vernichtung der Menschheit anstrebt. Shobu wird von seinem Rivalen und nunmehrigen Verbündeten Hakuoh sowie seinen Freunden Rekuta und Mimi begleitet, während sie sich dieser neuen Bedrohung stellen. Die Kulisse wechselt vom Alltagsleben der Charaktere zur rauen und geheimnisvollen Umgebung der Antarktis, wo uralte Geheimnisse der Duel Masters-Welt verborgen liegen.

Mehrere bemerkenswerte Handlungsbögen treiben die Handlung voran. Die Geschichte beginnt mit dem Antarktis-Bogen, ausgelöst durch Xanadus Verrat und Zakiras Entführung, was Shobu und seine Gefährten zu einer Rettungsmission veranlasst. Bei ihrer Ankunft treffen sie auf mächtige Riesen und duellieren sich mit ihnen, was unbeabsichtigt Adam weckt. Ein bedeutender Band schildert detailliert, wie Shobu und Hakuoh ein kombiniertes Deck bauen müssen, um in einem Tag-Team-Duell zwei riesige Duellanten zu besiegen, was ihre Teamarbeit unter Beweis stellt. Die Erzählung beinhaltet auch die Enthüllung eines Hochstaplers namens Shori und das Eingreifen einer mysteriösen Gruppe. Letztlich gelten die Ereignisse von Star Cross als kanonisch für die Duel Masters-Zeitlinie und führen direkt zu den Handlungsbögen mit Shobus jüngerem Bruder Katta und Joe.