Nach seiner Niederlage gegen Zakira erkennt der junge und leidenschaftliche Duellant Shobu Kirifuda, dass er stärker werden muss, und beschließt, zu Trainingszwecken nach Spanien zu reisen. Während seiner Reise trifft er unerwartet auf seinen Vater, Shori Kirifuda, der seit drei Jahren als tot galt. Shobu erfährt bald von den legendären 7 Duel Masters, mächtigen Duellanten, die nun über die ganze Welt verstreut sind. Er beschließt, sie zu finden, ohne zu wissen, dass sein Widersacher Zakira ebenfalls mit der Suche begonnen hat. Zakira setzt sein Elite-Team, die After-R (Revolution), ein, um diese gefährlichen Duellanten auszuschalten und ihre Kräfte zu nutzen.

Shobus Suche wird zu einer weltweiten Reise, die ihn durch verschiedene Länder führt und zu neuen Begegnungen sowie emotionalen Wiedersehen führt. Sein Weg zwingt ihn schließlich dazu, sich einem schockierenden Feind zu stellen: einem alten Freund, der verwandelt wurde. Hakuoh, Shobus früherer Rivale, wurde zu einem finsteren Alter Ego namens White umprogrammiert, was Shobu zwingt, sich ihm im Kampf zu stellen.

Die Geschichte entfaltet sich über drei große Handlungsbögen: den Spanien-Bogen, den Ägypten-Bogen und den Weltmeisterschafts-Bogen. Der zentrale Konflikt konzentriert sich darauf, dass Shobu die Welt bereist, um Zakira und die After-R daran zu hindern, die stärksten Duellanten der Welt auszulöschen. Wichtige Charaktere sind der entschlossene Protagonist Shobu Kirifuda, sein vermisst geglaubter Vater Shori Kirifuda, der schurkische Zakira, das Elite-Team After-R und der tragischerweise umprogrammierte White, der einst Shobus Freund Hakuoh war. Der Manga setzt direkt nach der originalen Duel Masters-Serie an und dient als kanonische Brücke zu nachfolgenden Bögen mit Charakteren wie Katta und Joe Kirifuda.