In einem nahegelegenen Zukunfts-Japan, in dem die Technologie so weit fortgeschritten ist, dass es Heim-Biodrucker gibt, die lebende Kreaturen erschaffen können, versucht ein Geländedesigner namens Sato, einen Shiba Inu als Gefährten auszudrucken. Aufgrund eines Fehlers im komplexen Druckprozess ist das Ergebnis kein Hund, sondern eine völlig unbekannte Lebensform: ein weiches, formbares, brotlaibförmiges Wesen, wie es noch nie zuvor gesehen wurde. Trotz des fehlgeschlagenen Drucks fühlt sich Sato zu der seltsamen Kreatur hingezogen. Sein Freund Shiono ist ebenfalls bezaubert und gibt ihr den perfekten Namen Mochimochi (oder Suama im japanischen Original), abgeleitet vom japanischen Wort für den weichen, zähen Reiskuchen.

Der Hauptcharakter, Sato (bezeichnet als Sato 46), arbeitet als Geländedesigner und führt ein ruhiges, routiniertes Leben mit wenigen persönlichen Bindungen. Er ist etwas unsozial und hat wenig Interesse an Essen oder Inneneinrichtung. Sein einziger Freund ist der laute und optimistische Shiono (Shiono 1), ein Schrotthändler mit hohem technischem Geschick, der Sato oft neckt. Die Kreatur Mochimochi ist ein Mitglied einer neu registrierten Spezies namens Printernia Nippon. Sie ist liebevoll gegenüber Sato, gewinnt Nährstoffe durch Photosynthese, benötigt aber auch eine spezielle Zuckerergänzung. Eine ständige Präsenz in ihrem Leben ist nn266e38, Satos zugewiesener Lebensverbesserungsberater, ein Wesen, das seine Gesundheit und täglichen Aktivitäten überwacht und oft dabei beobachtet wird, wie es physisch mit Mochimochi interagiert.

Im Verlauf der Geschichte entdeckt Sato, dass auch andere Menschen Druckerfehler erlebt haben, die zu einzigartigen Kreaturen wie seiner eigenen führten. Die Besetzung erweitert sich um Personen wie Takagi (Takagi 11), den ehemaligen CEO der Biodruckerfirma, der das fehlerhafte Produkt wissentlich auf den Markt brachte; Tono (Tono 70), einen Tierarzt, der vom Rat einer Fabrik zugewiesen wurde; Seta (Seta 8), einen jungen Mann, der nach der Arbeit in gefährlichen Sanierungsgebieten in Satos hochrangiges Wohngebiet befördert wurde; und Mukai (Mukai 62), einen stillen, einäugigen Bergarbeiter, der einen zotteligen, langhaarigen Printernia Nippon namens Monaka besitzt.

Die Kulisse von Printernia Nippon ist eine trügerisch friedliche Dystopie. Die Gesellschaft wird streng gemanagt, Bürger werden durch Nummern identifiziert und leben unter ständiger Überwachung durch robotische "Watch Cats". Eine mysteriöse Entität, bekannt als der Rat, regiert die Welt. Außerhalb der sicheren Wohnzonen liegen "Rekultivierungsgebiete", kontaminierte Gebiete, in denen Menschen Schutzanzüge tragen müssen, um an der Umweltrestaurierung zu arbeiten. Diese Gebiete beherbergen auch gefährliche Überreste eines vergangenen Konflikts. Der Satz "BIG CAT WATCHING YOU" wird in Satos Wohnung angezeigt, eine direkte Anspielung auf den ikonischen Slogan aus George Orwells 1984, der die unterdrückerische Natur ihrer scheinbar idyllischen Welt hervorhebt.

Einer der ersten bemerkenswerten Handlungsbögen beginnt, als Sato erfährt, dass es andere Menschen gibt, die einzigartige Kreaturen wie Mochimochi gedruckt haben. Sein sozialer Kreis beginnt zu wachsen, während er sich mit diesen Personen verbindet, was zu weiteren Fragen über die wahre Natur seines eigenartigen gedruckten Gefährten führt. Ein weiterer bedeutender Handlungsbogen dreht sich um das "Retrospektive Festival", bei dem Sato unerwartete Fähigkeiten zeigt, indem er geschickt einen Lebensmitteldrucker bedient und ein Geisterschiff modelliert. Dieses Ereignis führt zu einem Vorfall, bei dem der winzige grüne Printernia Nippon namens Soramame verschwindet, was die Gruppe zwingt, zusammenzuarbeiten. Während die Serie fortschreitet, erkundet die Erzählung die Geschichte ihrer Welt und enthüllt Beweise für eine massive, zivilisationsbeendende Katastrophe, die stark auf einen Atomkrieg hindeutet. Die Geschichte taucht auch in die wahre Natur des Rates ein, der stark impliziert, eine künstliche Intelligenz zu sein, die den Weltuntergang überlebte und, sich einsam fühlend, die Menschheit neu erschuf und nun ihre "Evolution" zu moralisch guten Menschen lenkt. Die Kreaturen selbst werden komplexer, wobei Mochimochi einen starken Willen zeigt, Sato zu schützen, und später in virtuellen Räumen ein großes, muskulöses humanoides Avatar namens Mukima manifestiert.