Zwanzig Jahre nachdem Glenmalt, der legendäre Drachenherrscher, die Kampfrasse der Duel Masters eroberte, betreten seine Zwillingskinder die Bühne einer neuen Ära. Die Geschichte folgt Glenglassaugh und Glenturret, einer Schwester und einem Bruder, die das Gewicht des legendären Status ihres Vaters tragen, während sie ihre eigenen Wege gehen. Glassaugh, der ältere Zwilling, wuchs mit Geschichten über die Schlachten ihres Vaters auf und hegt den mächtigen Traum, ihn zu übertreffen. Turret, ihr Bruder, wurde in der Zivilisation des Lichts unter der Obhut des ehemaligen Rivalen seines Vaters aufgezogen, was ihm eine einzigartige Perspektive verleiht, die das Konzept der Liebe als transformative Kraft in den Mittelpunkt stellt.

Der Katalysator für ihr Abenteuer kommt, als Miroku, ein Genie aus der Geisterwelt, erscheint und ihnen ein mächtiges Großschwert namens Gaisaga, das Explosionsflammen-Großschwert, verleiht. Mit dieser Waffe treten die Zwillinge in das wiederbelebte Duel Masters-Turnier ein, einen rücksichtslosen Kampf der Kampfrassen, der Kontinente umspannt und dem Sieger die Chance bietet, zu erhalten, was immer er sich wünscht. Miroku, fasziniert von den Dragheart-Waffen, die erstmals im vorherigen Turnier auftauchten, nutzt das Ereignis als Testgelände für seine neuen Kreationen.

Der frühe Teil der Erzählung folgt Glassaugh und Turret, während sie mit einer neuen Generation von Dragunern, Kriegern, die mit Drachengeistern verbunden sind, zusammenstoßen. Zu ihren frühen Rivalen gehört Sasoris Jr., ein Kindheitsfreund, der von der Macht einer weiteren von Mirokus experimentellen Waffen, der bösen Tomahawk Deadaxe, verzehrt wird. Die Zwillinge müssen sich auch mit Q.E.Deux auseinandersetzen, einem mysteriösen Klon, der das uralte Böse namens The Deadman wiederbeleben will, in dem Glauben, dass dies die Wünsche ihres ursprünglichen Selbst erfüllen wird.

Die Mitte der Geschichte eskaliert dramatisch mit der Invasion von König Romanov, dem Fegefeuer-Kaiser. Nachdem er sich mit einem von Mirokus magischen Geräten wiederbelebt hat, zielt Romanov darauf ab, Gaisaga zu erlangen. Er greift die Zwillinge direkt an, um die gesamte Geschichte in seinem Bösen Auge zu absorbieren und als Tyrann zu herrschen. Dieser Konflikt zwingt die Zwillinge und ihre Verbündeten, einer Bedrohung gegenüberzutreten, die selbst der schurkische The Deadman als ein größeres Übel betrachtete.

Im letzten Erzählbogen erweitert die Geschichte ihren Rahmen, um die Bildung zweier neuer Fraktionen darzustellen: der Techno-Samurai und der Dampfritter. Als die Ambitionen von König Romanov zu einem größeren Konflikt eskalieren, der andere mächtige Wesen wie Jashin und COMPLEX einbezieht, sehen sich die Zwillinge mit ihrem persönlichen Streben nach Ruhm mit dem Schicksal der gesamten Drachenwelt verflochten. Der Abschluss des Duel Masters-Turniers und der letztendliche Erfolg der Zwillinge, entweder das Vermächtnis ihres Vaters zu übertreffen oder ihr eigenes zu definieren, wird erreicht, wodurch dieses neue Kapitel der Drachen-Saga zu einem Abschluss kommt.