Seit der König der Monster, Godzilla, auftauchte, um den Bezirk Shinjuku in Tokio zu verwüsten und dann spurlos verschwand, sind Jahre vergangen. Infolge dieser Katastrophe verliert ein junges Mädchen namens Miyu Kaido ihre Familie und wird von der gewaltigen und furchterregenden Macht der Kreatur zutiefst geprägt. Als sie zu einer brillanten, aber zutiefst exzentrischen Teenagerin heranwächst, hat die Menschheit einen neuen Meilenstein erreicht: die technologische Fähigkeit, ins Weltall zu reisen. Diese Ära der Hoffnung währt jedoch nur kurz, als ein mysteriöser und kolossaler, nicht identifizierter Lebensform auf die Erde herabsteigt und eine Bedrohung darstellt, wie sie noch nie zuvor angetroffen wurde.

Dieser neue Feind ist Volga, ein Weltraum-Kaiju von immenser Kraft und seltsamer Gestalt, befehligt von einer außerirdischen Rasse, bekannt als die Nebula. Während die militärischen Kräfte der Erde gegen Volgas verheerende Hitzestrahlen und lähmende elektromagnetische Pulse kämpfen, scheint die Situation hoffnungslos. Doch als das außerirdische Monster eine japanische Stadt verwüstet, hallt ein vertrautes Brüllen vom Meer wider. Godzilla spürt einen Eindringling in seinem Revier und taucht auf, um sich diesem kosmischen Rivalen zu stellen, was einen brutalen Zweikampf zwischen dem König der Monster und einem außerirdischen Gegner einleitet.

Die Geschichte konzentriert sich auf Miyu Kaido, die nun als Gigantologie-Forscherin arbeitet und deren Besessenheit von Godzilla an Pathologie grenzt. Im Gegensatz zu denen, die nur Hass auf das Biest empfinden, das ihr Leben ruinierte, hegt Miyu eine komplexe und beunruhigende Faszination, die sogar eine verdrehte Schönheit in God zerstörerischer Kraft findet. Ihr genialer Intellekt macht sie zu einer wichtigen strategischen Beraterin für das Militär, wo sie neben Leutnant Shinya Osaki arbeitet, einem Piloten, der seine eigenen Narben und Groll gegen Godzilla trägt. Zusammen repräsentieren sie die fragile Hoffnung der Menschheit: die eine getrieben von analytischer Besessenheit, der andere vom Wunsch nach Rache.

Nachdem Miyu miterlebt hat, wie Godzilla Volga besiegt, gelangt sie zu einer Erkenntnis über ihre eigene Psyche und schlägt einen radikalen Plan vor. Um der wachsenden Bedrohung durch Weltraummonster zu begegnen, schlägt sie vor, dass die Menschheit Godzilla einfangen, ins All transportieren und es als lebende Waffe einsetzen sollte. Dies führt zur Operation Godzilla-Einfang, einem ehrgeizigen und gefährlichen Plan, das Monster in ein riesiges, raumfahrendes Schiff namens Gotengo zu locken. Die Operation geht jedoch katastrophal schief, als Godzilla zurückschlägt, was zu einem verzweifelten Kampf um Kontrolle und Überleben führt.

Die Erzählung entfaltet sich in verschiedenen Handlungsbögen, beginnend mit dem "Godzilla vs. Volga"-Bogen, der den kosmischen Rahmen und den primären Konflikt etabliert. Darauf folgt der "Godzilla-Einfang-Operation"-Bogen, in dem der Fokus auf den gefährlichen menschlichen Plan zur Nutzung des Monsters liegt. Durchgehend behält die Serie einen unerbittlichen Fokus auf Monster-Action bei, mit dynamischen Kämpfen und Godzillas charakteristischem Atomatem neben seiner beeindruckenden physischen Stärke. Das menschliche Drama rahmt den Kaiju-Konflikt, erforscht die psychologischen Auswirkungen des Lebens in einer Welt, die von Riesemonstern dominiert wird, und bereitet die Bühne für eine interstellare Reise, auf der die größte Katastrophe der Erde ihre einzige Hoffnung gegen die Leere des Weltraums werden könnte.