Ein verrückter Wissenschaftler namens Mad Oniyama strebt danach, die Erde zu erobern, wobei Godzilla als sein ultimatives Werkzeug dient. Um das Monster zu sichern, muss Oniyama sich mit den Kaneko-Brüdern auseinandersetzen: Hideo und Yosuke, einem Agenten der Monsterabwehrorganisation Team G, zusammen mit ihren Freunden. Die Geschichte spielt nach den Ereignissen des Films Godzilla vs. Mothra von 1992 und zeigt eine Welt, in der die Menschheit ums Überleben kämpft, während eine Welle von Riesenmonsteraktivitäten von einem einzigen brillanten, aber wahnsinnigen Geist orchestriert wird.

Der zentrale Konflikt dreht sich um Oniyamas Plan, die DNA zahlreicher klassischer Kaiju wiederzubeleben und genetisch zu verändern, um sie seinem Willen zu unterwerfen. Godzilla, der aus seinen vorherigen Kämpfen erwacht, wird zum Haupthindernis für dieses Vorhaben. Die Handlung wird vom eskalierenden Krieg zwischen dem unabhängigen König der Monster und Oniyamas wachsender Armee kontrollierter Kreaturen vorangetrieben. Diese Version von Godzilla wird als stolze und ungeheuer mächtige Naturgewalt dargestellt, die sich für unbesiegbar hält, obwohl sie den menschlichen G-Team-Mitgliedern, die ihm helfen, einen widerwilligen Respekt entgegenbringt.

Während Godzilla eine Schneise der Zerstörung zieht, sieht er sich einer unerbittlichen Reihe verstärkter Gegner gegenüber. Der erste ist Sea Baragon, ein Hybrid, der aus der Leiche des ursprünglichen Baragon erschaffen wurde, kombiniert mit Walross- und Narwal-DNA. Dann kämpft er gegen Neo Biollante und Megalon, der versehentlich seinen eigenen Verbündeten zerstört. Spätere Konfrontationen umfassen Mechagodzilla III und Mechani-Kong II, die das Monster im Doppelpack angreifen, sowie eine fliegende Version von Ebirah. Die Schlacht eskaliert mit dem Eintreffen von Rodan, einer neuen Anguirus-Art namens Anuirus, einem renovierten Gigan und King Ghidorah III, der die neue Fähigkeit besitzt, unsichtbar zu werden.

Einer der bemerkenswertesten Handlungsstränge beinhaltet eine Version von Mad Oniyama aus dem 25. Jahrhundert, der eine Zeitmaschine benutzt, um seiner Vergangenheitsversion dabei zu helfen, die Geschichte zu verändern und so den Sieg sicherzustellen. Diese Science-Fiction-Wendung erhöht die Einsätze und deutet an, dass der Konflikt sich durch die Zeit selbst erstreckt. Die menschlichen Protagonisten, Team G, arbeiten daran, die Pläne des Wissenschaftlers zu vereiteln, greifen in Monsterkämpfe ein und befreien Godzilla in einem kritischen Moment von der Gedankenkontrolle, als Oniyama ihn vorübergehend seinem Willen unterwirft.

Der Manga steuert auf eine klimaktische Konfrontation mit Oniyamas ultimativer Schöpfung zu: King Godzilla. Dieses Monstrum ist eine genetische Chimäre, die den Körper von Godzilla mit den Köpfen und Beinen von King Ghidorah, den Flügeln und dem Gehirn von Battra sowie dem verborgenen Kopf von Biollante kombiniert, der einen mächtigen Bruststrahl abfeuert. Das G-Team setzt seinen eigenen Mecha, Machine G, ein, um einen geschwächten Godzilla zu unterstützen. In einer brutalen Endschlacht gelingt es dem tödlich verwundeten Godzilla, King Godzilla zu packen und sich selbst sowie den Klon in einen aktiven Vulkankrater zu schleudern, wobei der böse Doktor Oniyama ebenfalls hineinfällt und die Bedrohung damit scheinbar beendet.

In einer einzigartigen stilistischen Wahl für eine Godzilla-Geschichte werden die Kaiju selbst so dargestellt, dass sie Gespräche miteinander führen, obwohl menschliche Charaktere sie nicht verstehen können. Dies verleiht den brutalen und blutigen Kämpfen der Monster eine zusätzliche Charakterisierungsschicht, die oft grafische Verletzungen und dramatische Gewalt zeigen. Der Manga enthält auch ein verspieltes Bonus-Kapitel mit dem Titel Street Fighter Godzilla, in dem Godzilla, gekleidet als Ryu, gegen einen als Blanka verkleideten Hedorah kämpft, während eine liebeskranke Mothra-Larve namens Mosuko nach ihm schmachtet.