Auf Cybertron sind die Autobots und Decepticons in einen Bürgerkrieg um die Kontrolle über den AllSpark verstrickt, ein legendäres Artefakt, das als Quelle allen cybertronischen Lebens dient. Als der Konflikt einen kritischen Punkt erreicht, beschließen die Autobots, das Artefakt ins All zu schießen, um es außerhalb von Megatrons Reichweite zu halten. Der AllSpark reist durch die Galaxie, bis er auf der Erde abstürzt. Millionen von Jahre später, in der Gegenwart, wird seine Präsenz auf dem Planeten entdeckt, was den uralten Krieg zwischen den beiden Fraktionen wieder entfacht, da beide danach streben, ihn für sich zu beanspruchen.

Der zentrale Konflikt in Transformers: All Spark ist eine Nacherzählung der ursprünglichen Handlung des Generation 1-Zeichentrickfilms, jedoch mit einem bemerkenswerten visuellen Dreh. Während die Ereignisse auf der Erde die klassischen G1-Charakterdesigns widerspiegeln, zeigen die Rückblenden auf Cybertron die Autobots und Decepticons in ihren Körperdesigns aus den Videospielen War for Cybertron und Fall of Cybertron. Diese Verschmelzung der Ästhetik sollte die japanische Generations-Spielzeugreihe bewerben, indem das ikonische Aussehen der Serie aus den 1980er Jahren mit den eckigeren, gepanzerten Designs der Aligned-Kontinuitätsfamilie kombiniert wurde.

Die Geschichte folgt den traditionellen Erzählmomenten der Originalserie. Die Autobots unter der Führung von Optimus Prime kommen auf der Erde an und schließen Freundschaft mit menschlichen Verbündeten wie Spike Witwicky, den sie vor einem Decepticon-Angriff in einem Energiewerk retten. Ihre Mission ist es, den AllSpark zu schützen und zu verhindern, dass die Decepticons seine Macht nutzen, um das Universum zu erobern. Die Decepticons unter dem Kommando von Megatron setzen verschiedene Strategien ein, um das Artefakt zu stehlen, was zu Kämpfen auf der ganzen Welt führt.

Der Manga wurde im Kerokero Ace-Magazin serialisiert, wobei das erste Kapitel in der November-2012-Ausgabe debütierte. Die Serie endete in der September-2013-Ausgabe, die auch die letzte Veröffentlichung von Kerokero Ace markierte. Die vollständige Geschichte wurde später gesammelt und 2017 von Hero-X über DMM.com als digitales E-Book veröffentlicht. Die gesammelte Ausgabe umfasst 433 Seiten und zeigt Kunst und Geschichte von Naoto Tsushima mit Kolorierung von Sayuri. Die Serie enthält insgesamt 11 Kapitel.