Ende 1997 wird der ursprüngliche Mangaschöpfer Shotaro Ishinomori von Cyborg 001 besucht, der aus einer seiner Zeichnungen auftaucht. Der Cyborg enthüllt, dass er und seine acht Kameraden echte Individuen sind, die im Jahr 2012 leben, und dass Ishinomoris Manga von telepathischen Visionen inspiriert wurde, die in die Vergangenheit gesendet wurden. Dr. Gilmore reist ebenfalls aus der Zukunft an, um zu erklären, dass eine weltvernichtende Katastrophe bevorsteht. Der Schöpfer erfährt, dass seine beiden vorherigen Versuche, die Serie zu beenden – der Engel-Bogen und der Kampf-mit-den-Göttern-Bogen – auf realen Ereignissen beruhten, die die Cyborgs erlebten, aber keiner einen wahren Abschluss bot. Da seine eigene Gesundheit versagt, beschließt Ishinomori, ein letztes Kapitel mit dem Titel 2012 009 Abschluss: GOD'S WAR zu schreiben, in der Hoffnung, seinen Charakteren das glückliche Ende zu geben, das sie zum Überleben brauchen.

Die Geschichte wechselt dann ins Jahr 2012. Die neun Cyborgs haben sich über den ganzen Globus verstreut und versuchen, nach ihren Kämpfen gegen die Black-Ghost-Organisation ein normales Leben zu führen. Joe Shimamura, als Cyborg 009 bezeichnet, ist der Anführer des Teams. Seine Kameraden sind das psychische Kleinkind Ivan Whisky oder 001, der impulsive Amerikaner Jet Link oder 002, die einfühlsame französische Tänzerin Francoise Arnoul oder 003, der stoische deutsche Scharfschütze Albert Heinrich oder 004, der kraftvolle Brasilianer Geronimo Jr. oder 005, der chinesische Koch und Philosoph Chang Changku oder 006, der gestaltwandelnde britische Schauspieler Great Britain oder 007 und der aquatische norwegische Fischer Pyunma oder 008.

Der Frieden wird gebrochen, als jeder Cyborg einzeln in eine Reihe übernatürlicher und verstörender Ereignisse hineingezogen wird. Jet Link, der nun als Privatdetektiv in New York City arbeitet, untersucht einen Vermisstenfall, der ihn zu einem schwarzen Magie-Kult namens Fucho Cult führt. Der Kult wird von ehemaligen Black-Ghost-Wissenschaftlern unterstützt, die eine monströse Entität namens God of Gods erschaffen haben, die sich gegen ihre Meister wendet und verschwindet. Francoise wird in Paris von einem mysteriösen Archäologen angesprochen, der ihr einen alten Kristall übergibt, der das Auge einer Statue enthält. Bald findet sie sich von engelhaften Wesen gejagt, die behaupten, die Menschheit sei ein Fehler und das Jahr 2012 sei die Zeit ihrer Ernte. Jeder der anderen Cyborgs begegnet ähnlichen unerklärlichen Bedrohungen auf der ganzen Welt, von der Tiefsee bis zum Amazonas-Regenwald, alle verbunden mit Entitäten, die behaupten, Götter zu sein.

Die getrennten Erzählstränge laufen zusammen, als die Cyborgs erfahren, dass die Entitäten, denen sie gegenüberstehen, keine Außerirdischen oder fortschrittlichen Waffen sind, sondern etwas viel Älteres. Diese Wesen, die die Menschheit im Laufe der Geschichte als Engel und Gottheiten verehrt hat, haben beschlossen, ihre Schöpfung auszulöschen. Die Cyborgs werden als einzigartige Bedrohung identifiziert, weil ihre mechanischen Körper und menschlichen Geister außerhalb der natürlichen Ordnung existieren. Während die Entitäten sich darauf vorbereiten, eine letzte Katastrophe über Tokio zu entfesseln, vereint sich das Team in Dr. Gilmores Anwesen. Sie müssen neue psychische Kräfte freisetzen, einschließlich Teleportation und molekularer Manipulation, um sich gegen Mächte zu behaupten, die sie als Gräuel betrachten.

Die letzte Schlacht findet während eines massiven Erdbebens statt, das die japanische Hauptstadt zerstört. Die Cyborgs stehen der vollen Macht der göttlichen Entitäten gegenüber, erleiden schwere Verletzungen und bringen immense Opfer. Die Geschichte steuert auf eine Konfrontation zu, die die Natur von Menschlichkeit und Göttlichkeit in Frage stellt. Der Abschluss weicht von den üblichen Auflösungen von Actiongeschichten ab und bietet ein mehrdeutiges Ende, das über traditionelle Science-Fiction hinausgeht und das letztendliche Schicksal der Welt und der Cyborgs der Interpretation überlässt – und so den letzten Wunsch des ursprünglichen Schöpfers erfüllt, ein abschließendes Bild für sein Lebenswerk zu finden.