In einem postapokalyptischen 21. Jahrhundert hat ein Atomkrieg die Erdoberfläche größtenteils in eine öde Einöde verwandelt und die globalen Wasservorräte verseucht. In dieser rauen neuen Welt hat ein skrupelloser Diktator namens Sanga die befestigte Stadt Last Land errichtet, wo er seine absolute Macht durch das Monopol über die einzige Quelle unverseuchten Wassers der Stadt aufrechterhält. Als Sanga erfährt, dass die benachbarten Bewohner von Freedom Village versuchen, ihren eigenen Brunnen zu graben, schickt er seine Handlanger, um ihre Bemühungen zu sabotieren.

Der wandernde Meister des Hokuto Shinken, Kenshiro, wird in diesen Konflikt verwickelt, nachdem er Tobi gerettet hat, einen abtrünnigen Informanten, der von Freedom Village angeheuert wurde. Durch Tobi trifft Kenshiro auf Sara, eine schöne und selbstlose junge Frau, die sich der Heilung von Kranken und Verwundeten widmet. Kenshiro ist erstaunt zu entdecken, dass Sara eine geheime Fähigkeit besitzt, durch Stimulierung von Druckpunkten zu heilen, eine Technik, die nur Meistern des Hokuto Shinken bekannt ist, und sie hat eine verblüffende Ähnlichkeit mit seiner verlorenen Liebe Yuria.

Sara wird bald von Sangas Soldaten gefangen genommen und nach Last Land gebracht. Sanga hat sein Regime nicht nur auf der Kontrolle über Wasser aufgebaut, sondern auch auf religiöser Täuschung, indem er einen Jungen namens Bista, der scheinbare Wunder vollbringen kann, als falschen Gott benutzt, um den Willen der Bevölkerung ohne Gewalt zu versklaven. Sanga strebt nun danach, Saras wundersame Heilkraft mit der von Bista zu vereinen, um absolute und ewige Herrschaft zu erlangen.

Als Kenshiro und Tobi in Last Land eindringen, erfahren sie, dass Tobi und Bista Brüder sind. Während einer kurzen Konfrontation mit Sanga wird Bista schwer verwundet. Kenshiro muss die Stadt verlassen, um Medizin für den verletzten Jungen zu finden. In seiner Abwesenheit trifft ein mysteriöser und mächtiger Krieger namens Seiji in Last Land ein. Von Hass und Ambitionen verzehrt, führt Seiji Hokumon no Ken aus, eine Kampfkunst, die gefährlich ähnlich wie Hokuto Shinken ist. Er beabsichtigt, Sanga zu töten und die Kontrolle über die Stadt an sich zu reißen.

Auf seiner Suche nach Medizin muss Kenshiro die gefährlichen Clifflands durchqueren, ein Gebiet, das vom Hokumon-Clan bewacht wird. Diese Krieger praktizieren das verbotene Hokumon no Ken und sind einer heiligen Pflicht verpflichtet: einen alten Vorrat an Atomwaffen davor zu bewahren, in die falschen Hände zu fallen. Kenshiro entdeckt ihr Geheimnis und versteht die schwere Bürde, die Nachfolger tödlicher Kampfkünste tragen.

Als Kenshiro schließlich mit der Medizin nach Last Land zurückkehrt, findet er die Stadt im Chaos vor, verwüstet von einem blutigen Aufstand. Seiji hat Tobi ermordet, der versucht hatte, mit seinem Bruder zu fliehen. Von Wut und Trauer überwältigt, stellt sich Kenshiro Seiji in einem brutalen Endkampf und besiegt schließlich den abtrünnigen Hokumon-Meister. Obwohl siegreich, ist Kenshiro von Trauer erfüllt. Er lässt die verfluchte Stadt hinter sich und macht sich erneut allein auf den Weg, um das schwere Schicksal des Hokuto Shinken-Nachfolgers zu tragen.