Shinobu Iijima und seine jüngere Schwester Megumi werden nach einem tragischen Unfall, der ihre Eltern dahinrafft, von Ayumu Imabayashi, einem alten Freund ihres Vaters, aufgenommen. Shinobu arbeitet unermüdlich daran, ein neues Leben aufzubauen, und findet Trost nur bei seiner Schwester und dem Mobile Game La Vita Online. Seine Welt zerbricht, als Ayumu sein wahres Gesicht zeigt und zugibt, dass er Shinobu brechen und Megumi für sich beanspruchen will. Bevor Shinobu diesen Verrat verarbeiten kann, löscht Ayumu alle seine Spiel-Daten. Kurz darauf wird ihr Hochhausapartment von einem Feuer verschlungen, und Shinobu stirbt bei dem Versuch, seine Schwester zu schützen.

Er erwacht in einem fantastischen Reich und erkennt schnell, dass er in die Welt von La Vita Online wiedergeboren wurde. Eine göttliche Ankündigung bestätigt seine schlimmsten Befürchtungen: sein Ziehvater Ayumu ist bereits hier, ebenfalls wiedergeboren. Ein grausamer Countdown beginnt zu ticken und markiert die Zeit, bis Megumi, die in der realen Welt noch um ihr Leben kämpft, ihren Verletzungen erliegt und zu ihnen stößt. All seines bisherigen Fortschritts beraubt und auf Level eins zurückgesetzt, sieht sich Shinobu einem verzweifelten Wettlauf gegenüber. Er schwört, seine Schwester um jeden Preis zu beschützen, selbst wenn es bedeutet, von ganz unten wieder aufzusteigen, um nicht nur seinen verräterischen Ziehvater, sondern auch die anderen skrupellosen wiedergeborenen Spieler zu bekämpfen, die diese Welt nun bevölkern.

Shinobu entdeckt, dass er einen einzigartigen Vorteil besitzt, der ihn von allen anderen Wiedergeborenen abhebt: Zugang zu einem versteckten Dungeon, der nur ihm bekannt ist. In diesem geheimen Raum schuftet er unerbittlich, nutzt die Macht eines Beschwörers, um legendäre Verbündete zu gewinnen und seine Stärke in nie dagewesenem Tempo aufzubauen. Er formt eine wachsende Gemeinschaft von Anhängern in seiner Heimatbasis, die er Izanach nennt. Früh auf seiner Reise rettet er ein junges Mädchen namens Alice von einem Sklavenmarkt. Alice, die sich für nutzlos hält, nachdem sie es nicht geschafft hat, einen Vertrag mit den Vier Großen Geistern zu schließen, erfährt von Shinobu eine schockierende Wahrheit und schließt sich seinen Reihen an. Sie kehrt schließlich an ihre Magieakademie zurück, um ihre Fähigkeiten gegen ehemalige Rivalen zu schärfen.

Die Jagd auf seinen Ziehvater Imabayashi wird zu einer zentralen Quest. Shinobu erfährt von einem mysteriösen jungen Mädchen, einer genialen Magierin, die ihr eigenes Runensystem erschaffen hat, das wiedergeborenen Spielern als japanische Schriftzeichen erscheint. Dieses Mädchen hat eine verblüffende Ähnlichkeit mit seiner Schwester Megumi. Entschlossen, jeder Spur zu folgen, reist Shinobu mit seinen Gefährten nach Abrasil, den Sitz von Imabayashis mächtiger Gilde, den Lions of Patriotism. Dort muss er die illegalen Aktivitäten der Gilde aufdecken, in einem Wettlauf gegen die Zeit, um das mysteriöse Mädchen zu finden, bevor sein böser Ziehvater sie erreichen kann.

Nach dem schließlichen Tod seines Erzfeindes verschwindet Shinobus lange verloren geglaubte Schwester Megumi erneut aus seinen Armen und lässt ihn verzweifelt zurück. Während er die Liebe und Unterstützung seiner Kameradin Kaori annimmt, kämpfen andere Mitglieder seiner Gruppe, darunter die junge Lehrlingin Alice, mit ihren eigenen Gefühlen. Eine welterschütternde Ankündigung verkündet dann, dass La Vita Online in seine Endphase eintritt. Das Agartha-Event steht bevor und setzt den Spielern eine letzte Frist, um den ultimativen Dungeon zu bezwingen und das Spiel zu beenden. Shinobu und seine Kameraden müssen lose Enden zusammenführen und unberechenbare Elemente ausschalten, bevor sie den finalen Sprung nach Agartha wagen, wo das Schicksal aller, die er liebt, entschieden wird.