In der Hafenstadt Shoubara lastet das Vermächtnis des legendären Yakuza-Bosses Murata Kyousuke schwer, doch es ist sein einziger Sohn, Kyoutarou, der im Mittelpunkt dieser Geschichte steht. Ein Oberschüler bei Tag und ein skrupelloser Gang-Anführer von Natur aus, führt Kyoutarou ein kriminelles Unternehmen, das Wilderei, den Betrieb von Hostessenclubs und die Zwangsprostitution von Schülerinnen umfasst – alles, während er straflos eine Handfeuerwaffe trägt. Trotz seines gefürchteten Rufs und der Angst, die er in der lokalen Unterwelt verbreitet, wahrt er vor seiner Mutter Kumiko die Fassade eines guten Sohnes.

Der zentrale Konflikt entflammt, als Kyoutarou ein örtliches Yakuza-Büro angreift, eine Tat, die ihn in die Nachrichten und vor einen Richter bringt. Sein Vater Kyousuke, nun der mächtige Don des Souwa-Bündnisses, schwört einen feierlichen Eid, seinen Sohn vom blutigen Schicksal eines Yakuza fernzuhalten. Um Kyoutarous unbeugsamen Willen zu brechen, sorgt Kyousuke dafür, dass sein Sohn in ein berüchtigt korruptes Gefängnis geschickt wird. Er heuert den zwielichtigen Auftragsmann Ootomo Ryuuji an, der sich selbst verhaften und in derselben Einrichtung inhaftieren lässt, wo er die Aufgabe hat, Kyoutarou durch Prügel gefügig zu machen.

Der Gefängnisbogen wird zu einer zermürbenden Willensprobe. Ootomo und seine Männer quälen Kyoutarou unerbittlich und bringen ihn sogar dazu, einen Wärter anzugreifen, um ihn von seiner besuchenden Mutter zu isolieren. In einer Zwangsjacke und in Einzelhaft gesteckt, lässt sich Kyoutarou nicht brechen. In einem Moment rachsüchtiger Wut gießt er kochenden Tee über Ootomos Kopf. Die Dynamik ändert sich, als ein schweres Erdbeben das Gefängnis erschüttert. Im Chaos übernimmt Kyoutarou das Kommando, befiehlt Wärtern und Insassen gleichermaßen, Verletzte zu retten und eine Massenflucht zu verhindern, selbst als ein Tsunami folgt. Mit erpresserischem Beweismaterial über Misshandlungen durch die Wärter erwirkt er für alle an der Rettung Beteiligten Bewährung.

Während dieser Saga gerät Kyoutarou mit seinem Onkel Kentarou, einem korrekten Polizeibeamten, aneinander und terrorisiert einen sadistischen Referendar namens Yagisawa Yuichi. Er zeigt auch einen beschützenden Instinkt, als er sich für ein Mädchen namens Hidemi rächt, das Gefühle für ihn hegt. Letztendlich ist Shin Otokogi eine harte Geschichte über einen delinquenten Sohn und seinen Yakuza-Vater, die in einem gewaltsamen Kampf verstrickt sind, wobei der Vater versucht, sein Kind mit allen Mitteln vor einem Leben in der Kriminalität zu bewahren, nur um festzustellen, dass die wilde Natur des Sohnes vielleicht nicht zu zähmen ist.