Ein Oberschüler namens Neji Yamato wird von Fragen geplagt, die endlos in seinem Kopf kreisen, ohne jemals eine befriedigende Antwort zu finden. Sein zentrales Dilemma, die Frage danach, wer er ist, wenn er sich wie überhaupt nichts fühlt, erhält eine seltsame physische Form durch eine buchstäbliche Schraube, die aus seinem Kopf ragt. Die Geschichte folgt Neji bei der Bewältigung seines Alltags in seiner zeitgenössischen japanischen Oberschule, wo eine mysteriöse Mitschülerin Interesse an ihm zeigt und damit den Grundstein für eine Reihe von Begegnungen legt, die ihn und seine Mitmenschen zwingen, sich mit komplexen Ideen auseinanderzusetzen.

Die Erzählung ist als eine Reihe episodischer philosophischer Untersuchungen strukturiert, nicht als eine einzige durchgehende Handlung. Frühe Kapitel etablieren den Kernkonflikt, indem Neji mit grundlegenden Fragen der Existenz und Identität ringt, wie etwa warum er überhaupt hier ist und die Natur seines eigenen Bewusstseins, und sich direkt mit Konzepten wie cogito ergo sum und der Antinomie der reinen Vernunft auseinandersetzt. Im Verlauf der Geschichte nutzt sie das Schulumfeld, um eine breite Palette philosophischer Themen zu erkunden. Ein Handlungsbogen untersucht die Natur der Wahrheit, ein anderer taucht in die Konzepte des Seins und der Seiendheit ein. Die Serie wendet diese Rahmen später auf soziale und psychologische Strukturen an, mit Bögen, die dem Ich und dem Es, der Dynamik der Massenpsychologie und den Kontrollmechanismen eines Panoptikums gewidmet sind. Weitere Bögen kritisieren Moralsysteme durch die Erforschung der Sklavenmoral und stellen die Idee des freien Willens und der Existenz selbst in Frage, mit einem Kapitel betitelt The Cell Precedes Existence.

Neji Yamato ist ein ausdrucksloser und schlichter junger Mann, dessen buchstäbliche Schraube eine visuelle Manifestation seiner zwanghaften, sich wiederholenden Gedanken ist. Ihm wird eine mysteriöse Mitschülerin gegenübergestellt, die sich ihm nähert und seine ungewöhnliche Perspektive zu verstehen oder zu teilen scheint. Die Nebenfiguren umfassen andere Schüler und Lehrer, die unterschiedliche Denkweisen repräsentieren, von denen, die blind der Mehrheit folgen, bis zu denen, die Kontrollsysteme durchsetzen oder sich gegen sie auflehnen. In seinen letzten Kapiteln spricht der Manga seine zentralen Themen direkt an. Ein Bogen mit dem Titel The Non-Screw People stellt Charaktere vor, die Nejis Bürde nicht teilen, während eine zweiteilige Studienberatung und ein dreiteiliger Bogen zur Moral mit dem Titel The Good, The Bad, and the Right die philosophischen Diskussionen in praktische, schulbasierte Szenarien überführen. Die Geschichte endet mit Kapiteln betitelt The Answer is Blowin in the Wind und Climb Every Mountain, was nahelegt, dass die Auflösung nicht eine einfache Antwort auf Nejis anfängliche Frage ist, sondern eine Akzeptanz der fortlaufenden Reise.