Ein Oberschüler namens Akira Himegami erwacht aus einem langen kryogenen Schlaf und stellt fest, dass seine Welt verschwunden ist. Die Stadt um ihn herum ist eine Ruine, verwüstet vom Krieg. Während er eingefroren war, hat eine globale Organisation namens OWEL die Kontrolle über die Gesellschaft übernommen, und das Konzept der Ehe wurde durch ein neues System namens Elsie ersetzt.

Desorientiert und allein wird Akira bald von einem Androiden namens Yugure konfrontiert, der eine unheimliche und frappierende Ähnlichkeit mit seiner Freundin Towasa aufweist. Bevor Akira diese unmögliche Wiederbegegnung verarbeiten kann, macht Yugure einen schockierenden Vorschlag: Sie bittet ihn, sie zu heiraten. Verwirrt, aber an der Hoffnung festhaltend, dass die echte Towasa irgendwo in dieser seltsamen neuen Ära noch am Leben sein könnte, willigt Akira ein, mit Yugure zu reisen. Gemeinsam machen sie sich auf eine Reise durch eine postapokalyptische Landschaft, um die Frau zu suchen, die er verloren hat.

Der zentrale Konflikt entspringt dem Geheimnis um Akira Vergangenheit und Yugures wahre Natur. Vor seinem langen Schlaf gestanden Akira und seine Pflegeschwester Towasa, eine geniale KI-Forscherin, ihre Liebe und versprachen zu heiraten. Ihr Glück wurde zerstört, als ein Anti-KI-Extremist auf Akira schoss, als er Towasa zu schützen versuchte, was ihn zwang, sich in kryonische Suspension zu begeben, um sein Leben zu retten. Die Welt, die Akira 200 Jahre später vorfindet, ist eine, in der ein verheerender Krieg zwischen Menschheit und künstlicher Intelligenz die Landkarte der Zivilisation neu gezeichnet hat.

Akira ist ein Relikt aus der Gemeinschaftsära und besitzt Wissen, das die heutige Gesellschaft entweder verloren hat oder unter OWELs strenger Kontrolle steht. Yugure ist ein fortschrittlicher Kampfandroid aus einer Serie namens Outside Series, geschaffen von Towasa, um den KI-Krieg zu beenden. Sie hält die Umstände ihrer Erschaffung und Towasas Schicksal geheim und betrachtet es als Tabuthema. Auf ihrer Reise treffen sie auf andere Androiden mit demselben Gesicht wie Yugure, wie die aggressive Yoiyami und die sanfte Hakubo, die Sonderkommandanten für OWEL sind und Yugure aus unbekannten Gründen verfolgen.

Bemerkenswerte Handlungsbögen beginnen mit dem Prolog über Akira Leben im 21. Jahrhundert und dem tragischen Attentat, das zu seiner Einfrierung führt. Die Hauptgeschichte folgt seinem brutalen Erwachen in einem Dorf namens Hakdoate, seiner Gefangennahme durch OWEL-Truppen und seiner dramatischen Rettung durch Yugure, die ihre Suche startet. Nachfolgende Bögen erkunden ihre Reise durch diese neue Welt, wo sie Verbündete wie den Historiker Yokurata und die reisende Händlerin Oboro treffen, während sie die Wahrheit über den Krieg, der die Welt beendete, und die Rolle Towasas bei der Schaffung sowohl der Katastrophe als auch ihrer Lösung aufdecken. Letztlich taucht die Erzählung in die sich entwickelnden Formen der Liebe in einer neuen Ära ein und zwingt Akira, zu hinterfragen, was seine Bindung zu Towasa und seine aufkeimende Verbindung zum Androiden Yugure wirklich bedeuten.