An einem gewöhnlichen Tag erhält der Oberschüler Saneatsu Narita eine kryptische Nachricht auf seinem Computer, die eine einfache Ja-oder-Nein-Frage stellt. Am nächsten Morgen erwacht er und findet Tokio verlassen vor. Er stellt fest, dass fast alle, die diese Nachricht nicht gesehen haben, gestorben sind. Die wenigen Überlebenden, darunter Saneatsus bester Freund Ryūta Ichinose und das Schülerratsmitglied Saaya Fujishiro, werden bald von einem Wesen kontaktiert, das sich selbst als Kaiser bezeichnet. Der Kaiser verkündet, dass sie alle Teilnehmer eines tödlichen Spiels namens Tasuketsu, oder Abwesende Mehrheit, sind. Jeden Tag stellt der Kaiser eine binäre Frage. Die Regel ist brutal: Diejenigen, die mit der Mehrheit antworten, werden sterben. Diese Prämisse zwingt die verbliebene Bevölkerung Tokios in einen Überlebenskampf, in dem Konsens ein Todesurteil ist.

Die Protagonisten sind eine kleine Gruppe von Schülern derselben Oberschule, darunter der entschlossene Saneatsu, sein loyaler Freund Ryūta, die besonnene Saaya und andere wie der sarkastische Kazuhiko Satō, bekannt als Ippiko. Im Verlauf des Spiels entdecken sie, dass jeder Spieler ein einzigartiges Privileg besitzt, eine besondere Fähigkeit, die nur einmal eingesetzt werden kann. Diese Kräfte, die von der Manipulation von Stimmen bis zum Erlangen von Informationen reichen, werden zu entscheidenden strategischen Werkzeugen. Die Überlebenden müssen sich in einer verlassenen Stadtlandschaft zurechtfinden, gegen eine tägliche Uhr ankämpfen und versuchen, die Absichten hinter den scheinbar zufälligen Fragen des Kaisers zu ergründen. Die Gruppe steht ständig vor einem ethischen Dilemma: Kooperation könnte zum Massentod führen, wenn ihre gemeinsame Antwort zur Mehrheit wird, während Verrat das individuelle Überleben sichern könnte.

Der Manga ist in mehrere Teile gegliedert, beginnend mit dem anfänglichen Chaos nach der Ankündigung des Spiels. Im Laufe der Handlung treffen die Überlebenden auf andere Fraktionen mit unterschiedlichen Philosophien, wie das Spiel zu gewinnen sei. Eine bemerkenswerte Wendung in der Erzählung tritt ein, als die Überlebenden erkennen, dass der Kaiser kein distanziertes, gesichtsloses Wesen ist, sondern von einem Ort innerhalb der Stadt aus agiert. Dies führt zu einer direkten Konfrontation, in der Saneatsu und seine Verbündeten versuchen, die Festung des Kaisers zu stürmen. Im letzten Handlungsbogen wird das wahre Wesen des Spiels als ein massives soziales Experiment enthüllt, das vom Kaiser entworfen wurde, um menschliches Verhalten unter extremem Druck zu beobachten. Der Konflikt gipfelt in einer letzten Abstimmung, in der Saneatsu seinen Verstand und sein Privileg nutzt, um den Kaiser auszumanövrieren und das Spiel zu beenden. Die Auflösung lässt jedoch Fragen offen, insbesondere nach den langfristigen psychologischen Auswirkungen auf die Überlebenden und den Implikationen des Experimentabschlusses.