Es gibt nur einen Magicraft Meister auf der Welt, einen Meister der magischen Ingenieurskunst. Über tausend Jahre nach dem Tod der vorherigen Meisterin wird ein junger japanischer Ingenieur namens Jin Nidou in eine andere Welt beschworen, um ihr Nachfolger zu werden. Nachdem er das umfangreiche Wissen und die Werkstatt der verstorbenen Meisterin Adriana geerbt hat, versucht Jin, ein Wurftor zu benutzen. Das Tor funktioniert jedoch fehlerhaft und befördert ihn nicht an sein beabsichtigtes Ziel, sondern in ein unbekanntes und ruhiges Dorf im ländlichen Raum. Gleichzeitig aktiviert sich ein Automat, den er kürzlich wiederhergestellt hat, und nutzt das Wurftor, um nach ihrem Vater, ihrem Schöpfer, zu suchen.

Jin Nidou war ein Waise, der in einem Waisenhaus aufwuchs, stets geschickt im handwerklichen Herstellen von Spielzeugen, im Reparieren von Gebäuden und später als fleißiger Ingenieur auf der Erde arbeitete. Nach seiner plötzlichen und unfallbedingten Beschwörung findet er sich im Labor von Adriana Barbora Tzechy, der vorherigen Magicraft Meisterin, wieder. Er nimmt ihren Willen an und erbt ihre Fähigkeiten, darunter mächtige Erschaffungsfähigkeiten wie Transmutation und Analyse. Der Automat, den er wiederbelebt und der seit einem Jahrtausend nach einem Nachfolger sucht, heißt Reiko. Jin gibt ihr diesen Namen, und sie beginnt, ihn als ihren Vater zu betrachten, wodurch sie zu seiner ständigen und mächtigen Begleiterin wird.

Die Kulisse weitet sich von Adrianas einsamer Insel, die reich an Mineralien ist und eine voll ausgestattete Werkstatt beherbergt, auf den weiteren Planeten Ars aus. Der zentrale Konflikt ergibt sich aus Jins Versetzung und seinem Ziel, seine neue Welt zu verstehen, während er seine geerbten Kräfte meistert. Ein bedeutender Handlungsbogen betrifft den anfänglichen Defekt, der ihn in einem abgelegenen Dorf stranden lässt, wo er beginnt, notwendige Gegenstände herzustellen, um zu überleben und den Einheimischen zu helfen. Ein weiterer großer Handlungsstrang betrifft das Vermächtnis der vorherigen Magicraft Meisterin. Jin stellt nicht nur Reiko wieder her, sondern erschafft auch eine Familie von Automaten, darunter Ann, einen Dienstmädchen-Automaten. Er macht die Horai-Insel zu seiner Basis, erschafft Golems zur Verteidigung, Erkundung und Herstellung, wie etwa den alten Magiegehirn-Manager der Insel. Später in der Geschichte stößt Jin auf Raum-Zeit-Staub, der ihn in die Zukunft zwingt, wo er entdeckt, dass ein Klon von ihm aktiv war, was zu komplexen Entwicklungen in Bezug auf sein eigenes Vermächtnis und die Erschaffung eines gesamten Clans von auf Jin basierenden Wesen führt. Die Erschaffungsreise des neuen Magicraft Meisters beinhaltet das kontinuierliche Erschaffen alles dessen, was er benötigt, von Fahrzeugen und Werkzeugen bis hin zu einer persönlichen Armee von Golems, während er die Welt erkundet und ihre Geheimnisse aufdeckt.